More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0019 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  100 
 
 
167 aa  332  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  100 
 
 
167 aa  332  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  57.58 
 
 
167 aa  198  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  58.54 
 
 
177 aa  192  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  54.82 
 
 
167 aa  187  5e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.66805e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  56.36 
 
 
169 aa  185  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  56.02 
 
 
169 aa  185  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  56.02 
 
 
169 aa  185  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  56.02 
 
 
169 aa  185  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0195  peptide deformylase  60.24 
 
 
178 aa  185  3e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  56.02 
 
 
169 aa  185  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  56.02 
 
 
169 aa  185  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  56.96 
 
 
177 aa  185  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  53.89 
 
 
168 aa  184  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  55.76 
 
 
169 aa  183  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  55.76 
 
 
169 aa  183  8e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  56.29 
 
 
178 aa  183  1e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  53.7 
 
 
167 aa  183  1e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  53.33 
 
 
178 aa  182  2e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  55.15 
 
 
167 aa  182  2e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  53.89 
 
 
168 aa  182  2e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  55.56 
 
 
181 aa  182  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  54.94 
 
 
167 aa  181  4e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  53.94 
 
 
168 aa  181  4e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.67775e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0309  peptide deformylase  53.09 
 
 
167 aa  180  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2079  peptide deformylase  51.52 
 
 
171 aa  180  8e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  54.27 
 
 
167 aa  179  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  55.42 
 
 
169 aa  179  1e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3182  peptide deformylase  54.32 
 
 
167 aa  179  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.98572  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  51.52 
 
 
170 aa  178  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  55.15 
 
 
169 aa  179  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  51.52 
 
 
170 aa  178  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  54.32 
 
 
167 aa  178  3e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  54.94 
 
 
179 aa  178  3e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  53.7 
 
 
167 aa  178  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  54.94 
 
 
167 aa  178  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  55.76 
 
 
168 aa  178  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  54.94 
 
 
167 aa  178  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  52.73 
 
 
168 aa  177  5e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  54.94 
 
 
216 aa  177  5e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  54.94 
 
 
179 aa  176  9e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  54.94 
 
 
179 aa  176  9e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  53.7 
 
 
167 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  51.81 
 
 
170 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  51.81 
 
 
170 aa  176  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  53.7 
 
 
167 aa  176  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  54.94 
 
 
167 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  51.81 
 
 
170 aa  176  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  53.7 
 
 
167 aa  176  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  53.94 
 
 
171 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  54.32 
 
 
179 aa  176  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  53.94 
 
 
168 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0070  peptide deformylase  54.32 
 
 
169 aa  175  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0394  peptide deformylase  53.05 
 
 
191 aa  175  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  53.94 
 
 
171 aa  175  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0015  peptide deformylase  55 
 
 
167 aa  174  5e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  51.83 
 
 
167 aa  174  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  52.44 
 
 
169 aa  174  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1778  peptide deformylase  48.48 
 
 
171 aa  173  9e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.818545  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  52.41 
 
 
169 aa  172  2e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  50.3 
 
 
169 aa  172  2e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  52.12 
 
 
168 aa  172  2e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  57.23 
 
 
185 aa  172  2e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  53.8 
 
 
196 aa  172  2e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  50.91 
 
 
168 aa  171  3e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  53.42 
 
 
170 aa  171  4e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  51.52 
 
 
168 aa  171  4e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0768  peptide deformylase  55.97 
 
 
185 aa  171  4e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0336972  normal  0.920717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  51.2 
 
 
169 aa  171  4e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  53.33 
 
 
168 aa  171  6e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  51.55 
 
 
170 aa  170  7e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  51.53 
 
 
169 aa  170  7e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  53.29 
 
 
170 aa  170  7e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  52.69 
 
 
170 aa  169  1e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  50.3 
 
 
172 aa  170  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  54.49 
 
 
171 aa  169  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  50.3 
 
 
168 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  50.3 
 
 
168 aa  169  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0142  peptide deformylase  57.23 
 
 
173 aa  169  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00942793  normal  0.794986 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  50.3 
 
 
172 aa  169  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  55.97 
 
 
185 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  52.8 
 
 
170 aa  168  3e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  51.83 
 
 
167 aa  168  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  50.3 
 
 
168 aa  168  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  55.35 
 
 
185 aa  168  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  50.3 
 
 
172 aa  168  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  50.62 
 
 
171 aa  168  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  52.12 
 
 
199 aa  167  6e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  49.1 
 
 
181 aa  166  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  49.7 
 
 
170 aa  166  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2085  peptide deformylase  51.2 
 
 
171 aa  166  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.444922  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  48.17 
 
 
169 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  52.53 
 
 
167 aa  164  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>