More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2274 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_2274  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
387 aa  788    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.643103  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3487  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.13 
 
 
389 aa  448  1e-125  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  61.89 
 
 
384 aa  442  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000605815  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4992  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.92 
 
 
386 aa  436  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329749 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2755  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  55.7 
 
 
383 aa  429  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.353022  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4124  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  53.17 
 
 
378 aa  422  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0305  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.62 
 
 
385 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2754  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.86 
 
 
387 aa  420  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4123  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.06 
 
 
380 aa  381  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2496  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.38 
 
 
385 aa  268  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0919487 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5748  Formyl-CoA transferase  36.34 
 
 
397 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8224  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.93 
 
 
396 aa  226  6e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204991  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3593  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.2 
 
 
401 aa  226  7e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.717963  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.72 
 
 
422 aa  217  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1080  Formyl-CoA transferase  35.06 
 
 
419 aa  215  9.999999999999999e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.982565  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
409 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
400 aa  212  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.22 
 
 
413 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  34.73 
 
 
411 aa  205  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  35.26 
 
 
389 aa  204  2e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.86 
 
 
412 aa  203  4e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  30.67 
 
 
450 aa  203  5e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  32.07 
 
 
395 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4235  Alpha-methylacyl-CoA racemase  35.18 
 
 
393 aa  203  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.04 
 
 
415 aa  203  5e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  31.89 
 
 
396 aa  202  7e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2969  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.29 
 
 
393 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0453018  normal  0.0946955 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
416 aa  202  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1855  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.96 
 
 
374 aa  202  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415662  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.3 
 
 
384 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  36.09 
 
 
381 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.09 
 
 
381 aa  200  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  36.09 
 
 
381 aa  200  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  36.09 
 
 
381 aa  200  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02242  hypothetical protein  36.09 
 
 
381 aa  200  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2658  hypothetical protein  36.09 
 
 
381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2521  hypothetical protein  36.2 
 
 
381 aa  200  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0845  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.89 
 
 
431 aa  199  5e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0637303 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2023  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.44 
 
 
394 aa  199  9e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.161113  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.95 
 
 
401 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
382 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0458  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.55 
 
 
429 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.36 
 
 
414 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  34.01 
 
 
420 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  31.35 
 
 
393 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0937  Formyl-CoA transferase  35.57 
 
 
407 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2740  hypothetical protein  35.78 
 
 
381 aa  197  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.382378  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
419 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.89 
 
 
413 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.46 
 
 
390 aa  196  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.28 
 
 
418 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8461  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.83 
 
 
387 aa  196  5.000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472879  normal  0.0450161 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
426 aa  196  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
390 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.96 
 
 
386 aa  196  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5651  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.81 
 
 
387 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00857799  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.74 
 
 
415 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0899  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.31 
 
 
407 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.81 
 
 
407 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
410 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1193  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
394 aa  194  3e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.058782  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  41.69 
 
 
411 aa  193  4e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.94 
 
 
430 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.17 
 
 
396 aa  193  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2774  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.7 
 
 
381 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.33 
 
 
394 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0247  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.93 
 
 
382 aa  192  9e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  32.39 
 
 
422 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.38 
 
 
433 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.16 
 
 
388 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3024  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.65 
 
 
416 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
391 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3227  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.07 
 
 
410 aa  190  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.24 
 
 
411 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.59 
 
 
390 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5543  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.17 
 
 
421 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.38 
 
 
392 aa  190  5e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.47 
 
 
411 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.99 
 
 
399 aa  189  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.607597  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1744  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.67 
 
 
402 aa  189  8e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0300334  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  30.73 
 
 
418 aa  189  8e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.03 
 
 
402 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  31.88 
 
 
389 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.42 
 
 
411 aa  189  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  31.27 
 
 
406 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.97 
 
 
423 aa  188  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  33.97 
 
 
423 aa  188  2e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.54 
 
 
407 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  30.96 
 
 
407 aa  188  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4191  hypothetical protein  33.52 
 
 
393 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.353514  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.9 
 
 
402 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.67 
 
 
426 aa  187  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  31.63 
 
 
407 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  34.5 
 
 
401 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
401 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.98 
 
 
403 aa  187  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  32.23 
 
 
406 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  32.99 
 
 
390 aa  187  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.51 
 
 
380 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  32.22 
 
 
435 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>