More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1531 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
400 aa  816    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.54 
 
 
406 aa  456  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  55.3 
 
 
401 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  51.55 
 
 
406 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.55 
 
 
406 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.3 
 
 
406 aa  388  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.05 
 
 
407 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.82 
 
 
409 aa  388  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
413 aa  391  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.55 
 
 
406 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  51.55 
 
 
406 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  51.93 
 
 
421 aa  387  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.78 
 
 
406 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.01 
 
 
418 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.78 
 
 
426 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.68 
 
 
406 aa  382  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.75 
 
 
418 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.56 
 
 
407 aa  379  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.04 
 
 
452 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.78 
 
 
407 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  51.37 
 
 
420 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
577 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.9 
 
 
433 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
406 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
544 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.26 
 
 
406 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
406 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
406 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.48 
 
 
406 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
406 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  51.94 
 
 
568 aa  376  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  50.52 
 
 
406 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  50.78 
 
 
406 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
406 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  50.26 
 
 
406 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.23 
 
 
415 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.55 
 
 
406 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.3 
 
 
406 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.87 
 
 
415 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
406 aa  371  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
415 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  49.1 
 
 
407 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  48.96 
 
 
406 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50 
 
 
434 aa  365  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
399 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  49.23 
 
 
407 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.13 
 
 
415 aa  365  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.61 
 
 
406 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.58 
 
 
407 aa  365  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.7 
 
 
406 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.28 
 
 
426 aa  363  3e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.73 
 
 
391 aa  362  5.0000000000000005e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  48.59 
 
 
427 aa  362  9e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4668  CAIB/BAIF family protein  47.21 
 
 
390 aa  358  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.74 
 
 
407 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.82 
 
 
407 aa  357  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.56 
 
 
430 aa  357  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.91 
 
 
412 aa  358  9.999999999999999e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.97 
 
 
424 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  48.19 
 
 
435 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  46.89 
 
 
423 aa  354  1e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.27 
 
 
413 aa  353  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2884  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.19 
 
 
400 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.15 
 
 
423 aa  352  5e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.94 
 
 
388 aa  352  5.9999999999999994e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2579  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  51.7 
 
 
425 aa  349  4e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000133596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.86 
 
 
368 aa  349  6e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.59 
 
 
433 aa  349  6e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.23 
 
 
390 aa  348  7e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.402932  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.96 
 
 
450 aa  346  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.96 
 
 
428 aa  346  5e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  46.68 
 
 
448 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  46.41 
 
 
425 aa  344  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.18 
 
 
410 aa  342  5.999999999999999e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.46 
 
 
415 aa  340  2.9999999999999998e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.55 
 
 
390 aa  339  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.69 
 
 
413 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.733868  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.42 
 
 
407 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.08 
 
 
392 aa  337  1.9999999999999998e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  48.94 
 
 
396 aa  336  3.9999999999999995e-91  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.09 
 
 
393 aa  336  5e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.42 
 
 
387 aa  336  5e-91  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.84 
 
 
381 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  46.84 
 
 
381 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3300  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  46.17 
 
 
389 aa  334  2e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217224 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.79 
 
 
411 aa  333  4e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5877  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.3 
 
 
422 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0389  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  50.6 
 
 
374 aa  330  2e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  48.67 
 
 
396 aa  330  2e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5909  L-carnitine dehydratase  45.81 
 
 
383 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.61 
 
 
390 aa  330  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  44.3 
 
 
413 aa  330  3e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  44.3 
 
 
413 aa  330  3e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4232  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  48.92 
 
 
372 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.575705  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0061  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.01 
 
 
381 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.405764 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.68 
 
 
406 aa  327  3e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.09 
 
 
394 aa  325  9e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.79 
 
 
407 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.83 
 
 
394 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  45.62 
 
 
381 aa  323  4e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>