More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2590 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  78.36 
 
 
402 aa  672    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
402 aa  823    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.89 
 
 
401 aa  598  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.39 
 
 
401 aa  591  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  71.89 
 
 
401 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2876  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.64 
 
 
401 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.251841  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.64 
 
 
401 aa  589  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2262  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.64 
 
 
401 aa  588  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0831367  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  70.9 
 
 
401 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  70.9 
 
 
401 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  70.9 
 
 
401 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0427  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.9 
 
 
401 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  70.4 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  70.4 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  70.4 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  70.4 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  70.4 
 
 
401 aa  568  1e-161  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.59 
 
 
416 aa  554  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.59 
 
 
416 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.84 
 
 
411 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.5 
 
 
418 aa  548  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  65.84 
 
 
411 aa  550  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  66.08 
 
 
424 aa  546  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.99 
 
 
402 aa  541  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  64.23 
 
 
403 aa  535  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5512  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.95 
 
 
403 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1054  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.96 
 
 
398 aa  497  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.434292  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  46.04 
 
 
406 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.05 
 
 
407 aa  348  8e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.3 
 
 
433 aa  348  1e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
406 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
406 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
406 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
577 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
544 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  45.54 
 
 
568 aa  347  2e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  45.79 
 
 
406 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  41.65 
 
 
420 aa  345  6e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.79 
 
 
406 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  44.8 
 
 
407 aa  345  8e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  45.3 
 
 
406 aa  344  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.54 
 
 
407 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.57 
 
 
406 aa  344  2e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.56 
 
 
406 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.55 
 
 
406 aa  342  5e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  43.32 
 
 
406 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.32 
 
 
406 aa  342  8e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  44.55 
 
 
407 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.22 
 
 
435 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.2 
 
 
434 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  43.07 
 
 
406 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.05 
 
 
406 aa  339  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.47 
 
 
407 aa  339  5.9999999999999996e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.32 
 
 
406 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.57 
 
 
452 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.04 
 
 
406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.55 
 
 
406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.08 
 
 
406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.47 
 
 
407 aa  336  3.9999999999999995e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.06 
 
 
407 aa  335  9e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.8 
 
 
411 aa  334  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
406 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.06 
 
 
406 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.46 
 
 
407 aa  334  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  44.71 
 
 
420 aa  333  3e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.31 
 
 
415 aa  333  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.31 
 
 
406 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.08 
 
 
426 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  44.55 
 
 
406 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.14 
 
 
413 aa  330  2e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.25 
 
 
412 aa  330  2e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.01 
 
 
407 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.92 
 
 
446 aa  329  4e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  43.07 
 
 
411 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  43.77 
 
 
425 aa  328  8e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.59 
 
 
415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.56 
 
 
415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.27 
 
 
415 aa  327  3e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.79 
 
 
409 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.12 
 
 
391 aa  325  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.39 
 
 
390 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4672  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.5 
 
 
393 aa  325  1e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00203708  normal  0.032071 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.24 
 
 
430 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  49.33 
 
 
389 aa  323  3e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.78 
 
 
423 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.76 
 
 
390 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  41.34 
 
 
427 aa  320  3e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.56 
 
 
407 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.49 
 
 
387 aa  320  3e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3203  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.75 
 
 
406 aa  320  3.9999999999999996e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.303388  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  43.04 
 
 
423 aa  319  5e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  41.09 
 
 
413 aa  319  6e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  41.09 
 
 
413 aa  319  6e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.45 
 
 
418 aa  318  7e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.97 
 
 
388 aa  318  7.999999999999999e-86  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  43 
 
 
448 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.31 
 
 
394 aa  318  1e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  44.08 
 
 
421 aa  317  2e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.2 
 
 
418 aa  317  2e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>