126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1204 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1204  Stringent starvation protein B  100 
 
 
197 aa  396  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3692  stringent starvation protein B  61.62 
 
 
199 aa  222  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0825  ClpXP protease specificity-enhancing factor  63.5 
 
 
185 aa  209  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5499  stringent starvation protein B  52.55 
 
 
176 aa  192  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0717  ClpXP protease specificity-enhancing factor  84.62 
 
 
188 aa  191  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2968  ClpXP protease specificity-enhancing factor  79.82 
 
 
175 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.816462  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0934  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.21 
 
 
185 aa  185  4e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0756  Stringent starvation protein B  52.71 
 
 
175 aa  184  9e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0793  stringent starvation protein B  55.67 
 
 
178 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24426  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0853  ClpXP protease specificity-enhancing factor  67.13 
 
 
178 aa  178  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3931  stringent starvation protein B  73.58 
 
 
176 aa  173  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0363  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.45 
 
 
173 aa  171  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0143816  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0372  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.45 
 
 
173 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.785538 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2973  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.24 
 
 
170 aa  171  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3543  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.02 
 
 
175 aa  166  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2662  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.94 
 
 
173 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.467258  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0445  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.94 
 
 
173 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0348  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.44 
 
 
173 aa  166  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2925  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.22 
 
 
165 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.94 
 
 
173 aa  166  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0127228  hitchhiker  0.00000353694 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3671  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.5 
 
 
175 aa  164  8e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.240699  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2855  ClpXP protease specificity-enhancing factor  56.93 
 
 
165 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.408921 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2694  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.5 
 
 
175 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.843962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3226  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.19 
 
 
165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3646  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.17 
 
 
173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3703  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.17 
 
 
173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3540  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.4 
 
 
169 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190354  normal  0.0891932 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3202  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.15 
 
 
165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.631262  normal  0.769041 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3260  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.17 
 
 
173 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1809  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.17 
 
 
173 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2744  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.17 
 
 
173 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2739  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.36 
 
 
159 aa  159  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3089  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.97 
 
 
162 aa  158  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296464  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0418  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.56 
 
 
169 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1001  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.33 
 
 
142 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.297114  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0129  stringent starvation protein B  64.95 
 
 
135 aa  143  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04048  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0813  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60 
 
 
143 aa  141  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000284281  hitchhiker  0.000260876 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0139  Stringent starvation protein B  62.89 
 
 
135 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.253376  normal  0.0968579 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1406  ClpXP protease specificity-enhancing factor  59 
 
 
156 aa  139  3e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1829  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.47 
 
 
132 aa  134  6.0000000000000005e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.183406 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0264  stringent starvation protein B  48.36 
 
 
141 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119829  hitchhiker  0.00532421 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3197  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.82 
 
 
152 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1587  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.17 
 
 
147 aa  116  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0463  ClpXP protease specificity-enhancing factor  37.82 
 
 
171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845722  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0753  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.43 
 
 
138 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.749535  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0527  ClpXP protease specificity-enhancing factor  37.31 
 
 
171 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.261361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1131  ClpXP protease specificity-enhancing factor  37.7 
 
 
166 aa  115  6e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000374711  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  39.9 
 
 
167 aa  114  8.999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0748969  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0255  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.28 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.262631  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1938  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.28 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552634  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.04 
 
 
146 aa  113  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.214233  normal  0.191438 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0302  ClpXP protease specificity-enhancing factor  39.9 
 
 
167 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0800734  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2207  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.08 
 
 
137 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121566  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13100  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.29 
 
 
135 aa  111  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0755  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.74 
 
 
151 aa  111  8.000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0556951  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0605  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.08 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.444219  hitchhiker  0.00162551 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2105  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.21 
 
 
142 aa  110  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.054144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0574  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.04 
 
 
152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.07602  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0805  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51 
 
 
152 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000656077  hitchhiker  0.00760563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1321  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.06 
 
 
153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2204  stringent starvation protein B  53.61 
 
 
160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537889  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3017  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.53 
 
 
152 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0478052  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3272  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.61 
 
 
145 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4403  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.06 
 
 
143 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2215  Stringent starvation protein B  53 
 
 
144 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.143233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
153 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0928  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.06 
 
 
143 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0606  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.08 
 
 
145 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.116605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.08 
 
 
145 aa  109  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.288679  normal  0.0982485 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2466  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.29 
 
 
141 aa  108  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3159  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.92 
 
 
133 aa  108  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0907  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.31 
 
 
137 aa  108  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168937  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0566  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.52 
 
 
145 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000750893  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3702  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.52 
 
 
145 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00424013  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3759  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.52 
 
 
145 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3885  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.52 
 
 
145 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0903466  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0612  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.04 
 
 
145 aa  107  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3697  stringent starvation protein B  45.8 
 
 
141 aa  107  1e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3303  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.49 
 
 
156 aa  107  1e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4162  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.52 
 
 
154 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0156887  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4436  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.51 
 
 
159 aa  106  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.889879  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2756  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.06 
 
 
131 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2629  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.06 
 
 
131 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03199  stringent starvation protein B  41.48 
 
 
154 aa  105  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000635662  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4528  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.04 
 
 
143 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03088  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0478  Stringent starvation protein B  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000030942  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4423  stringent starvation protein B  50 
 
 
137 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.219018  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4117  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
139 aa  105  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.98 
 
 
134 aa  105  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.456726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4545  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00795203  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3663  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51 
 
 
165 aa  105  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.163839  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3417  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3710  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000520481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0478  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000881621  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3523  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000608482  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3548  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000111262  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00437  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.06 
 
 
146 aa  105  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.266189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03039  hypothetical protein  53.68 
 
 
165 aa  105  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00302867  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1876  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.51 
 
 
138 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.66225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>