126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2968 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2968  ClpXP protease specificity-enhancing factor  100 
 
 
175 aa  355  1.9999999999999998e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.816462  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3692  stringent starvation protein B  60 
 
 
199 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1204  Stringent starvation protein B  54.82 
 
 
197 aa  194  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0793  stringent starvation protein B  61.4 
 
 
178 aa  191  3e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24426  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0756  Stringent starvation protein B  63.22 
 
 
175 aa  191  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0717  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.94 
 
 
188 aa  184  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0825  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.84 
 
 
185 aa  184  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5499  stringent starvation protein B  54.84 
 
 
176 aa  181  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0853  ClpXP protease specificity-enhancing factor  80.2 
 
 
178 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0934  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.11 
 
 
185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3202  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.35 
 
 
165 aa  167  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.631262  normal  0.769041 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2925  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.69 
 
 
165 aa  167  9e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2855  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.5 
 
 
165 aa  167  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.408921 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3089  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.1 
 
 
162 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296464  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3931  stringent starvation protein B  65.29 
 
 
176 aa  166  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2973  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.07 
 
 
170 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3226  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.43 
 
 
165 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3543  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.32 
 
 
175 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2662  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.59 
 
 
173 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.467258  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0363  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.87 
 
 
173 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0143816  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0445  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.59 
 
 
173 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
173 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0127228  hitchhiker  0.00000353694 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0372  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.13 
 
 
173 aa  158  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.785538 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2694  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
175 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.843962  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3260  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
173 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1809  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
173 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2744  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
173 aa  156  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3671  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
175 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.240699  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3646  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
173 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3703  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.14 
 
 
173 aa  155  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0348  ClpXP protease specificity-enhancing factor  67.35 
 
 
173 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0813  ClpXP protease specificity-enhancing factor  64.36 
 
 
143 aa  155  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000284281  hitchhiker  0.000260876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2739  ClpXP protease specificity-enhancing factor  66 
 
 
159 aa  154  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3540  ClpXP protease specificity-enhancing factor  64 
 
 
169 aa  154  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190354  normal  0.0891932 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0418  ClpXP protease specificity-enhancing factor  63 
 
 
169 aa  153  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0129  stringent starvation protein B  64.15 
 
 
135 aa  151  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04048  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1406  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.09 
 
 
156 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0139  Stringent starvation protein B  61.32 
 
 
135 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.253376  normal  0.0968579 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1829  ClpXP protease specificity-enhancing factor  66.67 
 
 
132 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.183406 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1001  ClpXP protease specificity-enhancing factor  59.79 
 
 
142 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.297114  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0264  stringent starvation protein B  58.33 
 
 
141 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119829  hitchhiker  0.00532421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0463  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.91 
 
 
171 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845722  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0527  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.68 
 
 
171 aa  125  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.261361  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1131  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.26 
 
 
166 aa  123  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000374711  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1587  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.78 
 
 
147 aa  123  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0605  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.19 
 
 
145 aa  121  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.444219  hitchhiker  0.00162551 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0606  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.19 
 
 
145 aa  121  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.116605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.19 
 
 
145 aa  121  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.288679  normal  0.0982485 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.7 
 
 
146 aa  120  8e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.214233  normal  0.191438 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3017  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.11 
 
 
152 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0478052  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3197  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.46 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.17 
 
 
167 aa  119  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0748969  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3159  ClpXP protease specificity-enhancing factor  59.43 
 
 
133 aa  118  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2105  ClpXP protease specificity-enhancing factor  59.38 
 
 
142 aa  118  4.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.054144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0753  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.1 
 
 
138 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.749535  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0612  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.41 
 
 
145 aa  117  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2207  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.73 
 
 
137 aa  116  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121566  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3303  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.27 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0302  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.57 
 
 
167 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0800734  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2658  ClpXP protease specificity-enhancing factor  36.57 
 
 
151 aa  116  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0574  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.66 
 
 
152 aa  115  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.07602  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0755  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.95 
 
 
151 aa  115  3.9999999999999997e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0556951  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0566  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.22 
 
 
145 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000750893  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3702  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.22 
 
 
145 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00424013  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3759  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.22 
 
 
145 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3885  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.22 
 
 
145 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0903466  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0805  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.04 
 
 
152 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000656077  hitchhiker  0.00760563 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3272  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.3 
 
 
145 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4436  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.889879  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.04 
 
 
153 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0109  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.65 
 
 
158 aa  112  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.100743  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00887  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
159 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3697  stringent starvation protein B  49.19 
 
 
141 aa  111  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004505  stringent starvation protein B  53.68 
 
 
156 aa  111  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000252533  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13100  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
135 aa  111  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4999  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
137 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4162  ClpXP protease specificity-enhancing factor  39.29 
 
 
154 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0156887  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0255  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
138 aa  110  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.262631  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1938  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
138 aa  110  8.000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552634  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4688  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.51 
 
 
137 aa  110  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170007  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57520  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
135 aa  110  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1958  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.74 
 
 
130 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.188367  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2204  stringent starvation protein B  41.07 
 
 
160 aa  110  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537889  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4346  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00332207  hitchhiker  0.00737983 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03088  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0478  Stringent starvation protein B  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000030942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03039  hypothetical protein  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00302867  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2466  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.83 
 
 
141 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0907  ClpXP protease specificity-enhancing factor  39.88 
 
 
137 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168937  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3417  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3710  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000520481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0478  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000881621  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3523  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000608482  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4545  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00795203  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3548  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000111262  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1321  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.53 
 
 
153 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4403  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.53 
 
 
143 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4528  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.98 
 
 
143 aa  108  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3663  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.74 
 
 
165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.163839  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3534  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.92 
 
 
166 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0546582  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>