126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0934 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0934  ClpXP protease specificity-enhancing factor  100 
 
 
185 aa  373  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0853  ClpXP protease specificity-enhancing factor  66.14 
 
 
178 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1204  Stringent starvation protein B  55.73 
 
 
197 aa  192  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0717  ClpXP protease specificity-enhancing factor  69.4 
 
 
188 aa  188  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3692  stringent starvation protein B  57.78 
 
 
199 aa  186  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0825  ClpXP protease specificity-enhancing factor  56.99 
 
 
185 aa  185  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3226  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.37 
 
 
165 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3089  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.45 
 
 
162 aa  182  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296464  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0756  Stringent starvation protein B  56.25 
 
 
175 aa  181  8.000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0793  stringent starvation protein B  55.11 
 
 
178 aa  179  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24426  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5499  stringent starvation protein B  53.89 
 
 
176 aa  176  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2925  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.06 
 
 
165 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2855  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.84 
 
 
165 aa  172  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.408921 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3202  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.84 
 
 
165 aa  170  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.631262  normal  0.769041 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2968  ClpXP protease specificity-enhancing factor  77 
 
 
175 aa  169  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.816462  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3931  stringent starvation protein B  66.96 
 
 
176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0129  stringent starvation protein B  65.98 
 
 
135 aa  153  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04048  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0363  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.88 
 
 
173 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0143816  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0372  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.16 
 
 
173 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.785538 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0418  ClpXP protease specificity-enhancing factor  56.1 
 
 
169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.35 
 
 
173 aa  151  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0127228  hitchhiker  0.00000353694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2662  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.24 
 
 
173 aa  151  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.467258  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0445  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.24 
 
 
173 aa  151  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2973  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.19 
 
 
170 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0348  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.35 
 
 
173 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3540  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.83 
 
 
169 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190354  normal  0.0891932 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0139  Stringent starvation protein B  61.9 
 
 
135 aa  150  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.253376  normal  0.0968579 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3543  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.37 
 
 
175 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2739  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.33 
 
 
159 aa  148  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3671  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
175 aa  147  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.240699  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2694  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
175 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.843962  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3260  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1809  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3646  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
173 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3703  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
173 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2744  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.02 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0813  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.95 
 
 
143 aa  141  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000284281  hitchhiker  0.000260876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1406  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.29 
 
 
156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0264  stringent starvation protein B  45.11 
 
 
141 aa  128  5.0000000000000004e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119829  hitchhiker  0.00532421 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1829  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.82 
 
 
132 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.183406 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1001  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.4 
 
 
142 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.297114  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.46 
 
 
167 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0748969  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2105  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.21 
 
 
142 aa  114  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.054144  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3159  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.85 
 
 
133 aa  114  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2207  ClpXP protease specificity-enhancing factor  59.18 
 
 
137 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121566  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0605  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.444219  hitchhiker  0.00162551 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0302  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.9 
 
 
167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0800734  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0606  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.116605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.288679  normal  0.0982485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3272  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.21 
 
 
145 aa  112  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4346  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.78 
 
 
165 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00332207  hitchhiker  0.00737983 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
153 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3197  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
152 aa  111  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1587  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.46 
 
 
147 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0527  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.57 
 
 
171 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.261361  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0612  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3702  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00424013  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3759  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3885  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
145 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0903466  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1131  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.57 
 
 
166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000374711  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2466  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54 
 
 
141 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0566  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.96 
 
 
145 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000750893  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0463  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.01 
 
 
171 aa  109  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845722  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3523  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.92 
 
 
165 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000608482  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0755  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.74 
 
 
151 aa  108  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0556951  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.98 
 
 
146 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.214233  normal  0.191438 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0753  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.47 
 
 
138 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.749535  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03088  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0478  Stringent starvation protein B  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000030942  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4545  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00795203  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03039  hypothetical protein  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00302867  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3417  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3710  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000520481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0478  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000881621  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3548  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.15 
 
 
165 aa  108  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000111262  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13100  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.54 
 
 
135 aa  108  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3017  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
152 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0478052  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4162  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.98 
 
 
154 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0156887  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0574  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51 
 
 
152 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.07602  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0805  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.55 
 
 
152 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000656077  hitchhiker  0.00760563 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2629  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.96 
 
 
131 aa  106  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0255  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.96 
 
 
138 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.262631  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1938  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.96 
 
 
138 aa  106  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552634  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00437  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
146 aa  105  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.266189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3794  Stringent starvation protein B  50.5 
 
 
167 aa  105  4e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2215  Stringent starvation protein B  52 
 
 
144 aa  105  5e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.143233 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3663  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.54 
 
 
165 aa  104  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.163839  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2756  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.43 
 
 
131 aa  104  7e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3697  stringent starvation protein B  42.11 
 
 
141 aa  104  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3636  Stringent starvation protein B  43.08 
 
 
165 aa  103  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.177806  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
166 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00341096  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3701  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
166 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3303  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45 
 
 
156 aa  103  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3604  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
166 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0530098  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3639  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
166 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0402989  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3534  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
166 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0546582  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1958  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.63 
 
 
130 aa  101  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.188367  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1876  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.49 
 
 
138 aa  100  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.66225  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1941  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.36 
 
 
144 aa  100  9e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4117  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
139 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>