127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3197 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3197  ClpXP protease specificity-enhancing factor  100 
 
 
152 aa  314  2e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3303  ClpXP protease specificity-enhancing factor  75.64 
 
 
156 aa  244  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0606  ClpXP protease specificity-enhancing factor  71.05 
 
 
145 aa  223  6e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.116605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  71.05 
 
 
145 aa  223  6e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.288679  normal  0.0982485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0605  ClpXP protease specificity-enhancing factor  70.39 
 
 
145 aa  221  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.444219  hitchhiker  0.00162551 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0612  ClpXP protease specificity-enhancing factor  69.08 
 
 
145 aa  217  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3702  ClpXP protease specificity-enhancing factor  68.42 
 
 
145 aa  216  7e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00424013  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3759  ClpXP protease specificity-enhancing factor  68.42 
 
 
145 aa  216  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3885  ClpXP protease specificity-enhancing factor  68.42 
 
 
145 aa  216  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0903466  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0566  ClpXP protease specificity-enhancing factor  68.42 
 
 
145 aa  216  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000750893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3272  ClpXP protease specificity-enhancing factor  67.76 
 
 
145 aa  213  9e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0574  ClpXP protease specificity-enhancing factor  66.24 
 
 
152 aa  209  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.07602  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  64.05 
 
 
153 aa  208  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3017  ClpXP protease specificity-enhancing factor  64.15 
 
 
152 aa  205  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0478052  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4162  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65 
 
 
154 aa  204  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0156887  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0805  ClpXP protease specificity-enhancing factor  64.56 
 
 
152 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000656077  hitchhiker  0.00760563 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3636  Stringent starvation protein B  57.35 
 
 
165 aa  160  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.177806  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3548  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  7e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000111262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03088  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0478  Stringent starvation protein B  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000030942  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03039  hypothetical protein  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00302867  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4545  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00795203  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3663  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.163839  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3417  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3710  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000520481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0478  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000881621  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3523  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
165 aa  160  8.000000000000001e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000608482  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
166 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00341096  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3639  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
166 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0402989  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3604  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
166 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0530098  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3701  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
166 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3534  ClpXP protease specificity-enhancing factor  65.74 
 
 
166 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0546582  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2658  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
151 aa  157  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3794  Stringent starvation protein B  53.62 
 
 
167 aa  157  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0527  ClpXP protease specificity-enhancing factor  61.95 
 
 
171 aa  157  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.261361  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0463  ClpXP protease specificity-enhancing factor  61.95 
 
 
171 aa  157  7e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845722  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4346  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.5 
 
 
165 aa  155  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00332207  hitchhiker  0.00737983 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1131  ClpXP protease specificity-enhancing factor  62.73 
 
 
166 aa  154  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000374711  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  62.04 
 
 
167 aa  153  9e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0748969  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0109  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.11 
 
 
158 aa  153  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.100743  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0302  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.68 
 
 
167 aa  152  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0800734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3697  stringent starvation protein B  51.01 
 
 
141 aa  152  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004505  stringent starvation protein B  52.94 
 
 
156 aa  151  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000252533  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00887  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.95 
 
 
159 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2870  stringent starvation protein B  49.03 
 
 
137 aa  140  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.338758  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2466  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.19 
 
 
141 aa  136  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4423  stringent starvation protein B  58.82 
 
 
137 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.219018  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03199  stringent starvation protein B  56.31 
 
 
154 aa  133  9e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000635662  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4688  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.84 
 
 
137 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170007  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1941  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.31 
 
 
144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1876  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.31 
 
 
138 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.66225  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4117  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.84 
 
 
139 aa  131  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3159  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.38 
 
 
133 aa  130  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2204  stringent starvation protein B  46.91 
 
 
160 aa  130  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537889  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1587  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.85 
 
 
147 aa  130  9e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0907  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.95 
 
 
137 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168937  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0928  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.77 
 
 
143 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0755  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.21 
 
 
151 aa  127  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0556951  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.85 
 
 
146 aa  126  9.000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.214233  normal  0.191438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1321  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.89 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57520  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
135 aa  124  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4999  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
137 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4528  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.83 
 
 
143 aa  125  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4403  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.89 
 
 
143 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2207  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.34 
 
 
137 aa  124  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121566  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0717  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.66 
 
 
188 aa  124  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00437  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.58 
 
 
146 aa  123  8.000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.266189  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4436  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.49 
 
 
159 aa  122  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.889879  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3692  stringent starvation protein B  54.08 
 
 
199 aa  122  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5499  stringent starvation protein B  51.92 
 
 
176 aa  122  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13100  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.92 
 
 
135 aa  122  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3931  stringent starvation protein B  51.67 
 
 
176 aa  121  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.33976 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2215  Stringent starvation protein B  53.92 
 
 
144 aa  121  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.143233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1365  ClpXP protease specificity-enhancing factor  58.33 
 
 
150 aa  120  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.49 
 
 
134 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.456726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0255  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.54 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.262631  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1938  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.54 
 
 
138 aa  119  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552634  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0813  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.98 
 
 
143 aa  118  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000284281  hitchhiker  0.000260876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2968  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.46 
 
 
175 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.816462  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0825  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
185 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0264  stringent starvation protein B  47.4 
 
 
141 aa  118  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119829  hitchhiker  0.00532421 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0756  Stringent starvation protein B  51.49 
 
 
175 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0793  stringent starvation protein B  51.49 
 
 
178 aa  118  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24426  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1958  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53.12 
 
 
130 aa  116  9e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.188367  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1204  Stringent starvation protein B  40.82 
 
 
197 aa  116  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2694  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.57 
 
 
175 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.843962  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3260  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.57 
 
 
173 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2105  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51.46 
 
 
142 aa  116  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.054144  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1809  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.57 
 
 
173 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2744  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.57 
 
 
173 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0753  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.98 
 
 
138 aa  116  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.749535  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3671  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
175 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.240699  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2973  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0418  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.94 
 
 
169 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3646  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3703  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
173 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0348  ClpXP protease specificity-enhancing factor  51 
 
 
173 aa  114  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3540  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52 
 
 
169 aa  114  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.190354  normal  0.0891932 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3543  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
175 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
173 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0127228  hitchhiker  0.00000353694 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>