126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4528 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4528  ClpXP protease specificity-enhancing factor  100 
 
 
143 aa  290  5e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1321  ClpXP protease specificity-enhancing factor  91.61 
 
 
153 aa  227  5e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4403  ClpXP protease specificity-enhancing factor  91.61 
 
 
143 aa  226  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.209502 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0907  ClpXP protease specificity-enhancing factor  75.52 
 
 
137 aa  220  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168937  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0928  ClpXP protease specificity-enhancing factor  88.11 
 
 
143 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13100  ClpXP protease specificity-enhancing factor  72.73 
 
 
135 aa  209  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4688  ClpXP protease specificity-enhancing factor  77.62 
 
 
137 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170007  normal  0.0499712 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4423  stringent starvation protein B  74.13 
 
 
137 aa  196  9e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.219018  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4117  ClpXP protease specificity-enhancing factor  72.73 
 
 
139 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57520  ClpXP protease specificity-enhancing factor  72.03 
 
 
135 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4999  ClpXP protease specificity-enhancing factor  72.03 
 
 
137 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106738  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2658  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.05 
 
 
151 aa  153  8e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3159  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.17 
 
 
133 aa  149  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2466  ClpXP protease specificity-enhancing factor  52.67 
 
 
141 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0596528  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0463  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.03 
 
 
171 aa  141  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845722  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1131  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.03 
 
 
166 aa  141  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000374711  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0527  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.03 
 
 
171 aa  141  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.261361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0255  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.34 
 
 
138 aa  140  7e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.262631  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1938  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.34 
 
 
138 aa  140  7e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552634  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0109  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.97 
 
 
158 aa  139  9e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.100743  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004505  stringent starvation protein B  44.65 
 
 
156 aa  137  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000252533  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.01 
 
 
167 aa  136  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0748969  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1365  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.66 
 
 
150 aa  134  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0302  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.83 
 
 
167 aa  133  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0800734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00887  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.51 
 
 
159 aa  133  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50.88 
 
 
153 aa  131  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.114177  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2204  stringent starvation protein B  45.96 
 
 
160 aa  130  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537889  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2215  Stringent starvation protein B  49.31 
 
 
144 aa  131  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.143233 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2207  ClpXP protease specificity-enhancing factor  60.61 
 
 
137 aa  130  6e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.121566  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1958  ClpXP protease specificity-enhancing factor  46.04 
 
 
130 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.188367  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0295  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55 
 
 
134 aa  130  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.456726  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3197  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.64 
 
 
152 aa  130  9e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3697  stringent starvation protein B  47.22 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3303  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.1 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3663  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.163839  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3523  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000608482  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2870  stringent starvation protein B  44.76 
 
 
137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.338758  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3272  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.83 
 
 
145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03088  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0478  Stringent starvation protein B  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000030942  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4545  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00795203  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3702  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.44 
 
 
145 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00424013  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3759  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.44 
 
 
145 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0011866  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3417  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3710  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000520481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3885  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.44 
 
 
145 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0903466  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0478  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000881621  normal  0.250547 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03039  hypothetical protein  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00302867  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3548  ClpXP protease specificity-enhancing factor  50 
 
 
165 aa  128  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000111262  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0605  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.75 
 
 
145 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.444219  hitchhiker  0.00162551 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3017  ClpXP protease specificity-enhancing factor  45.33 
 
 
152 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0478052  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3532  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
166 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00341096  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3604  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
166 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0530098  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3534  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
166 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0546582  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3639  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
166 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0402989  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3701  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.46 
 
 
166 aa  126  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2105  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.81 
 
 
142 aa  126  9.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.054144  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0612  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.75 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3794  Stringent starvation protein B  53.92 
 
 
167 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0566  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.75 
 
 
145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000750893  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03199  stringent starvation protein B  42.68 
 
 
154 aa  126  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000635662  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3636  Stringent starvation protein B  53.92 
 
 
165 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.177806  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0753  ClpXP protease specificity-enhancing factor  57.58 
 
 
138 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.749535  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0606  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.06 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.116605 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.06 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.288679  normal  0.0982485 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1829  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.94 
 
 
132 aa  125  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.183406 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00437  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.95 
 
 
146 aa  125  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.266189  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2756  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.06 
 
 
131 aa  124  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4162  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.94 
 
 
154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0156887  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0574  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.94 
 
 
152 aa  124  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.07602  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0755  ClpXP protease specificity-enhancing factor  49.57 
 
 
151 aa  124  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0556951  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4346  ClpXP protease specificity-enhancing factor  55.34 
 
 
165 aa  124  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00332207  hitchhiker  0.00737983 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0264  stringent starvation protein B  45.39 
 
 
141 aa  123  7e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119829  hitchhiker  0.00532421 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0372  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.59 
 
 
173 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.785538 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0363  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.59 
 
 
173 aa  122  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0143816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0805  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.83 
 
 
152 aa  123  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000656077  hitchhiker  0.00760563 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2629  ClpXP protease specificity-enhancing factor  43.75 
 
 
131 aa  122  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2662  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40 
 
 
173 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.467258  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0445  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40 
 
 
173 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40 
 
 
173 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0127228  hitchhiker  0.00000353694 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3543  ClpXP protease specificity-enhancing factor  39.53 
 
 
175 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.410728 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1587  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40.41 
 
 
147 aa  121  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2739  ClpXP protease specificity-enhancing factor  42.68 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1424  ClpXP protease specificity-enhancing factor  41.1 
 
 
146 aa  118  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.214233  normal  0.191438 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1521  Stringent starvation protein B  49.57 
 
 
175 aa  117  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0348  ClpXP protease specificity-enhancing factor  40 
 
 
173 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1406  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.52 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3671  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.39 
 
 
175 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.240699  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2973  ClpXP protease specificity-enhancing factor  44.96 
 
 
170 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3646  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.39 
 
 
173 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3703  ClpXP protease specificity-enhancing factor  48.39 
 
 
173 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.670457  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5499  stringent starvation protein B  40.23 
 
 
176 aa  115  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0418  ClpXP protease specificity-enhancing factor  47.54 
 
 
169 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2397  stringent starvation protein B  54.55 
 
 
125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.672505  normal  0.042037 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2694  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
175 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.843962  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3692  stringent starvation protein B  42.69 
 
 
199 aa  114  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1876  ClpXP protease specificity-enhancing factor  54.55 
 
 
138 aa  114  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.66225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3260  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
173 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1809  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
173 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2744  ClpXP protease specificity-enhancing factor  53 
 
 
173 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>