78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0560 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 360 aa  736    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  84.08 
 
 		 359 aa  622  1e-177  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  83.66 
 
 		 356 aa  614  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  82.3 
 
 		 356 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  81.92 
 
 		 360 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  81.01 
 
 		 362 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  73.03 
 
 		 367 aa  550  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  73.31 
 
 		 367 aa  547  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  72.19 
 
 		 367 aa  543  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  71.7 
 
 		 323 aa  484  1e-136  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  70.28 
 
 		 370 aa  485  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  66.48 
 
 		 371 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13141  hypothetical protein  53.37 
 
 		 362 aa  405  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.62 
 
 		 365 aa  405  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  55.83 
 
 		 362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  54.34 
 
 		 379 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  48.29 
 
 		 337 aa  274  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  45.3 
 
 		 374 aa  271  1e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  43.22 
 
 		 351 aa  246  3e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1221  radical SAM domain-containing protein  48.25 
 
 		 356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0775  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 404 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2885  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806461  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2747  hypothetical protein  28.57 
 
 		 401 aa  81.3  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0596  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.351823  normal  0.189258 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2001  radical SAM domain-containing protein  26.21 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0196  hypothetical protein  25.71 
 
 		 401 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0270  hypothetical protein  25.31 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.901692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0963  hypothetical protein  23.7 
 
 		 380 aa  73.2  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 331 aa  71.6  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1508  radical SAM domain-containing protein  23.31 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2204  radical SAM domain protein  23.31 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2140  Radical SAM domain protein  26.46 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0631  radical SAM domain-containing protein  26.51 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0187035  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  25.4 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0644  Radical SAM domain protein  30.53 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.14053  normal  0.0928811 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0844  radical SAM domain-containing protein  26.03 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.757233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0230  hypothetical protein  22.82 
 
 		 343 aa  60.1  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0445  radical SAM family protein  32.38 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2171  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00159358  decreased coverage  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2543  radical SAM domain protein  29.7 
 
 		 378 aa  56.6  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1662  radical SAM family Fe-S protein  25.69 
 
 		 327 aa  56.2  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28470  radical SAM enzyme, Cfr family  28.68 
 
 		 344 aa  55.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.267861  hitchhiker  0.00294853 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  22.27 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1803  radical SAM family protein  27.92 
 
 		 321 aa  54.7  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0033  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 296 aa  53.1  0.000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.531209  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  24.24 
 
 		 331 aa  53.1  0.000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1052  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 366 aa  52  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  27.66 
 
 		 367 aa  51.2  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6000  radical SAM domain-containing protein  22.76 
 
 		 380 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0592  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 371 aa  49.3  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000649486  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1034  radical SAM domain-containing protein  22.4 
 
 		 375 aa  48.9  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1863  radical SAM domain-containing protein  26.11 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.176912  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1727  hypothetical protein  22.83 
 
 		 421 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2088  Radical SAM domain protein  29.13 
 
 		 351 aa  48.5  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14130  radical SAM enzyme, Cfr family  27.46 
 
 		 351 aa  47.4  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0513  lipoyl synthase  28.98 
 
 		 292 aa  47  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170423  normal  0.0962099 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2906  lipoyl synthase  26.37 
 
 		 298 aa  46.2  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0705  radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 		 283 aa  45.1  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0681  radical SAM domain-containing protein  26.92 
 
 		 283 aa  45.1  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  25.6 
 
 		 354 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3051  lipoyl synthase  25.82 
 
 		 298 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0756  hypothetical protein  21.18 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000116616 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2624  radical SAM enzyme, Cfr family  24.12 
 
 		 342 aa  44.7  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0912  radical SAM domain-containing protein  21.54 
 
 		 295 aa  44.3  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3568  lipoyl synthase  25.43 
 
 		 298 aa  43.9  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  26.42 
 
 		 355 aa  43.9  0.004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0417812 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1674  hypothetical protein  22.87 
 
 		 343 aa  43.5  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5116  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00190183  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5114  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000010765  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4698  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000012904  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5109  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5076  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0124  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00208739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4796  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000356063  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5205  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4682  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000492626  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4840  lipoyl synthase  24.86 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478803  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  25.58 
 
 		 355 aa  42.7  0.01  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>