44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2885 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2885  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 405 aa  840    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806461  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0775  radical SAM domain-containing protein  67.1 
 
 		 404 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2001  radical SAM domain-containing protein  35.11 
 
 		 377 aa  214  2.9999999999999995e-54  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2257  radical SAM family Fe-S protein  26.84 
 
 		 446 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.452543  normal  0.874565 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0844  radical SAM domain-containing protein  28.19 
 
 		 421 aa  117  5e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.757233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5825  hypothetical protein  27.18 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.952499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0270  hypothetical protein  26.93 
 
 		 405 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.901692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0196  hypothetical protein  27.24 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2747  hypothetical protein  27.24 
 
 		 401 aa  103  8e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0963  hypothetical protein  23.95 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  27.99 
 
 		 356 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1727  hypothetical protein  26.01 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  26.37 
 
 		 323 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.84 
 
 		 362 aa  88.2  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  27.27 
 
 		 359 aa  87.8  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  27.24 
 
 		 356 aa  87.4  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 360 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1034  radical SAM domain-containing protein  25.93 
 
 		 375 aa  82.8  0.000000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 		 370 aa  82.8  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13141  hypothetical protein  24.21 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  27.48 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  26.98 
 
 		 367 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  25.76 
 
 		 367 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  24.82 
 
 		 360 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  26.54 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  25.67 
 
 		 337 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  27.35 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.09 
 
 		 365 aa  72.4  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1803  radical SAM family protein  25 
 
 		 321 aa  70.1  0.00000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  25.74 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  23.26 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1221  radical SAM domain-containing protein  22.59 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6000  radical SAM domain-containing protein  24.13 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  22.95 
 
 		 374 aa  59.3  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  27.91 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1662  radical SAM family Fe-S protein  27.27 
 
 		 327 aa  56.6  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  24.75 
 
 		 331 aa  55.5  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0756  hypothetical protein  23.55 
 
 		 331 aa  54.7  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000116616 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0631  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 		 314 aa  53.1  0.000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0187035  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2140  Radical SAM domain protein  25.75 
 
 		 323 aa  52  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  26.17 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  26.89 
 
 		 355 aa  46.2  0.001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0417812 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0596  radical SAM domain-containing protein  30.85 
 
 		 322 aa  43.9  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.351823  normal  0.189258 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>