79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1993 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 370 aa  744    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  73.2 
 
 		 367 aa  531  1e-150  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  70.28 
 
 		 360 aa  528  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  71.27 
 
 		 367 aa  528  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  70.99 
 
 		 367 aa  527  1e-148  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  68.73 
 
 		 356 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  68.35 
 
 		 360 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  67.7 
 
 		 356 aa  512  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  68.16 
 
 		 359 aa  509  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  73.35 
 
 		 323 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  66.48 
 
 		 362 aa  481  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  65.08 
 
 		 371 aa  471  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.7 
 
 		 362 aa  416  9.999999999999999e-116  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13141  hypothetical protein  54.19 
 
 		 362 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  56.58 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  60.28 
 
 		 379 aa  398  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  53.27 
 
 		 337 aa  298  7e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  48.2 
 
 		 374 aa  296  6e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  50.28 
 
 		 351 aa  288  8e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1221  radical SAM domain-containing protein  49.42 
 
 		 356 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0775  radical SAM domain-containing protein  26.15 
 
 		 404 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2885  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 405 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.806461  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1508  radical SAM domain-containing protein  23.21 
 
 		 266 aa  77  0.0000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2001  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 		 377 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0963  hypothetical protein  23.7 
 
 		 380 aa  72.8  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0230  hypothetical protein  24.85 
 
 		 343 aa  72  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0596  radical SAM domain-containing protein  23.9 
 
 		 322 aa  65.5  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.351823  normal  0.189258 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  25.21 
 
 		 331 aa  65.9  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2140  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0631  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0187035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2204  radical SAM domain protein  22.98 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0644  Radical SAM domain protein  23.39 
 
 		 390 aa  62.8  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.14053  normal  0.0928811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2747  hypothetical protein  22.97 
 
 		 401 aa  61.6  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0270  hypothetical protein  21.77 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.901692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1803  radical SAM family protein  28.03 
 
 		 321 aa  59.7  0.00000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0844  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 		 421 aa  59.7  0.00000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.757233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0445  radical SAM family protein  33.33 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0196  hypothetical protein  24.8 
 
 		 401 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2046  radical SAM domain-containing protein  24.75 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1034  radical SAM domain-containing protein  25.51 
 
 		 375 aa  57.4  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2171  Radical SAM domain protein  21.16 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00159358  decreased coverage  0.000000000651126 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1052  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2543  radical SAM domain protein  21.16 
 
 		 378 aa  55.1  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0906  hypothetical protein  28.79 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000883258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0028  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 368 aa  54.3  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0394  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 322 aa  54.3  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0756  hypothetical protein  26.83 
 
 		 331 aa  53.9  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000116616 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0033  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.531209  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1662  radical SAM family Fe-S protein  24.21 
 
 		 327 aa  52.8  0.00001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1727  hypothetical protein  24 
 
 		 421 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2197  radical SAM family protein  20.63 
 
 		 330 aa  51.2  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.804971  normal  0.445705 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2088  Radical SAM domain protein  28.04 
 
 		 351 aa  49.7  0.00009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  28.15 
 
 		 367 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6000  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 380 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  25.74 
 
 		 355 aa  47.4  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0417812 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1520  Radical SAM domain protein  26.67 
 
 		 310 aa  47.4  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.12 
 
 		 351 aa  47  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.37 
 
 		 347 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0705  radical SAM domain-containing protein  28.28 
 
 		 283 aa  46.6  0.0007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0912  radical SAM domain-containing protein  24.17 
 
 		 295 aa  46.2  0.0008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0681  radical SAM domain-containing protein  28.87 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1738  biotin synthase  23.04 
 
 		 349 aa  45.1  0.002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1863  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 380 aa  44.3  0.003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.176912  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0592  Radical SAM domain protein  22.64 
 
 		 371 aa  44.7  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000649486  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5116  lipoyl synthase  27.27 
 
 		 298 aa  44.3  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00190183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  22.48 
 
 		 380 aa  44.7  0.003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2685  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.56 
 
 		 346 aa  44.3  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000061721  normal  0.591184 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0919  Radical SAM domain protein  27.66 
 
 		 308 aa  43.9  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000116556  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  23.44 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3568  lipoyl synthase  27.88 
 
 		 298 aa  43.5  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_49687  predicted protein  28.67 
 
 		 369 aa  43.9  0.005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.622489 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3189  lipoyl synthase  26.29 
 
 		 290 aa  43.9  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.411626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1336  hypothetical protein  27.63 
 
 		 379 aa  43.9  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00270043  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1131  biotin synthase  22.34 
 
 		 341 aa  43.5  0.006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5114  lipoyl synthase  26.67 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000010765  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0572  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  19.84 
 
 		 349 aa  43.1  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00705994  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4698  lipoyl synthase  26.67 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000012904  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5109  lipoyl synthase  26.67 
 
 		 298 aa  43.1  0.008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  30.34 
 
 		 399 aa  42.7  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>