More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0973 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0973  transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0500  transcriptional regulator  51.87 
 
 		 245 aa  214  5.9999999999999996e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000138983  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000129  transcriptional regulator  51.85 
 
 		 220 aa  214  8e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000110935  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05736  positive response regulator for pho regulon  51.63 
 
 		 220 aa  212  2.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0650  transcriptional regulator, response regulator  47.98 
 
 		 201 aa  191  6e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1487  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.52 
 
 		 232 aa  142  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.487145  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2440  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 222 aa  140  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0936231  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1098  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.46 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2981  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000201285  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0841  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 220 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 235 aa  139  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1330  response regulator receiver  36.53 
 
 		 219 aa  138  7.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0984  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.93 
 
 		 246 aa  137  8.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0723779 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  38.14 
 
 		 222 aa  137  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2149  two component transcriptional regulator  38.99 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  38.6 
 
 		 219 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2216  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 237 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 230 aa  136  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.14 
 
 		 219 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  40.81 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 234 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1783  two component transcriptional regulator  39.72 
 
 		 220 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  35.84 
 
 		 229 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  35.4 
 
 		 229 aa  136  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1539  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 222 aa  135  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000287281  normal  0.103291 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 233 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  38.14 
 
 		 219 aa  135  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1349  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.66 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.421984 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2106  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 238 aa  135  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  38.14 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1220  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.4 
 
 		 233 aa  135  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00991602 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 233 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  38.14 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  38.14 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  38.14 
 
 		 219 aa  135  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2596  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 233 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.606495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  38.14 
 
 		 219 aa  135  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  35.4 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  35.4 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3443  two component transcriptional regulator  41.04 
 
 		 213 aa  135  7.000000000000001e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2497  DNA-binding response regulator  36.04 
 
 		 228 aa  134  7.000000000000001e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  35.4 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  35.4 
 
 		 229 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.07 
 
 		 219 aa  134  9e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.732153 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4054  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.271916 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1394  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 236 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000024965  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2286  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  40.37 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  40.38 
 
 		 220 aa  132  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  34.96 
 
 		 229 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2811  DNA-binding response regulator  36.04 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21640  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.74 
 
 		 226 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000176926  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1549  response regulator receiver protein  35.45 
 
 		 241 aa  132  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0273908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  36.04 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 221 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  35.65 
 
 		 221 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0940  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.29 
 
 		 237 aa  132  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  37.61 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 219 aa  131  6e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 233 aa  132  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  37.61 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  37.61 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  37.61 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  37.61 
 
 		 219 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2805  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 224 aa  131  6.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.244907 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 219 aa  131  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1100  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.81 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.602411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2232  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.33 
 
 		 227 aa  131  7.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.326614  normal  0.43086 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.06 
 
 		 219 aa  131  9e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3815  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.62 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0278114  normal  0.0118387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.27 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1041  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 229 aa  130  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.194422 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.5 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  37.96 
 
 		 220 aa  130  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3577  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.70324 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3265  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 		 245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.45002  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  35.27 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1614  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.722606 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  34.86 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  39.07 
 
 		 220 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1897  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.151466  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3871  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.54 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000473157  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4239  two component transcriptional regulator  38.32 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0202421  normal  0.361244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  39.45 
 
 		 220 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.87 
 
 		 236 aa  129  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2927  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.94 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>