More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2929 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2929  polysaccharide/polyol phosphate ABC transporter permease  100 
 
 
415 aa  802    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.85 
 
 
409 aa  477  1e-133  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.584645  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3487  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.83 
 
 
292 aa  283  5.000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.679353  normal  0.0162357 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.61 
 
 
289 aa  276  5e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  61.47 
 
 
303 aa  276  5e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01120  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  57.02 
 
 
298 aa  268  1e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
278 aa  264  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  61.93 
 
 
301 aa  255  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09190  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  57.43 
 
 
294 aa  255  9e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.041544  normal  0.326272 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5465  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.81 
 
 
281 aa  253  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.112319 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  61.47 
 
 
299 aa  253  4.0000000000000004e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.4 
 
 
301 aa  252  9.000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
278 aa  246  8e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.72 
 
 
272 aa  242  7e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1226  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.5 
 
 
288 aa  242  7.999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.119845  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  52.32 
 
 
301 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
298 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
298 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
298 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  51.93 
 
 
300 aa  237  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  53.1 
 
 
298 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.1 
 
 
298 aa  237  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0565  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.120464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0449  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1932  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1869  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2026  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0902  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
300 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  52.36 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.21 
 
 
298 aa  236  8e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  53.1 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.06 
 
 
295 aa  233  5e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0552935  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.89 
 
 
290 aa  233  7.000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
376 aa  232  8.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  53.1 
 
 
298 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.54 
 
 
317 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.88 
 
 
294 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.74 
 
 
293 aa  230  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00518726  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.26 
 
 
307 aa  229  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  55.07 
 
 
274 aa  227  3e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  51.97 
 
 
400 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  55.07 
 
 
280 aa  226  6e-58  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5041  choline ABC transporter, permease protein  52.79 
 
 
300 aa  226  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.503755 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  56.04 
 
 
276 aa  226  8e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1615  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  52.36 
 
 
300 aa  225  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26210  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  53.36 
 
 
310 aa  224  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.8 
 
 
276 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.48 
 
 
288 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  51.29 
 
 
356 aa  224  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  52.19 
 
 
392 aa  222  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
357 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.14 
 
 
282 aa  220  3e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.4 
 
 
283 aa  220  3e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  51.74 
 
 
374 aa  219  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  52.17 
 
 
400 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.61 
 
 
285 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2309  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.39 
 
 
279 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0079247  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2764  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.83 
 
 
278 aa  218  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0116658  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  50.62 
 
 
422 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  54.34 
 
 
363 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  48.39 
 
 
355 aa  217  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.04 
 
 
277 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  52.05 
 
 
321 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.85 
 
 
283 aa  216  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.53 
 
 
294 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  51.33 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  51.33 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  51.33 
 
 
388 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.18 
 
 
295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.44 
 
 
400 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.44 
 
 
400 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0672  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
277 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.93 
 
 
282 aa  213  7e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000739779  decreased coverage  0.0000000000305889 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.31 
 
 
277 aa  212  9e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.281492  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.22 
 
 
279 aa  212  1e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.423644  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.77 
 
 
277 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 
383 aa  211  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0463  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
281 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4710  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.77 
 
 
281 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0674  glycine/betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  58.33 
 
 
279 aa  210  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000586111  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  52.3 
 
 
354 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
293 aa  210  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  50 
 
 
299 aa  209  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.62 
 
 
280 aa  209  6e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.54971  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  51.88 
 
 
354 aa  209  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  51.88 
 
 
354 aa  209  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.22 
 
 
451 aa  209  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  51.88 
 
 
354 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  51.88 
 
 
354 aa  209  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  53.96 
 
 
283 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  52.34 
 
 
354 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
399 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>