More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0654 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0654  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  100 
 
 		 327 aa  676    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.676674 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3069  pyruvate dehydrogenase, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  73.01 
 
 		 326 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.829686  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2675  Transketolase central region  73.01 
 
 		 326 aa  498  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2110  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  66.26 
 
 		 326 aa  456  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.140374  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1491  transketolase  49.38 
 
 		 327 aa  323  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5078  transketolase, central region  49.23 
 
 		 327 aa  318  1e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1280  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.09 
 
 		 327 aa  316  3e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0091  Transketolase central region  50.62 
 
 		 324 aa  316  4e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07151  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.96 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.132194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5126  Transketolase central region  48.16 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2883  Transketolase central region  48.61 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3213  Transketolase central region  48.61 
 
 		 327 aa  314  9.999999999999999e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0143  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dehydrogenase (E1) component  50.62 
 
 		 326 aa  314  1.9999999999999998e-84  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4540  transketolase central region  49.54 
 
 		 327 aa  313  2.9999999999999996e-84  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.362287  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16211  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  48.59 
 
 		 327 aa  312  5.999999999999999e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.220601 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1190  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.96 
 
 		 327 aa  311  6.999999999999999e-84  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.407117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09281  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.81 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0281  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  45.26 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09511  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  45.68 
 
 		 329 aa  310  2e-83  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.789221  normal  0.154301 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0869  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.91 
 
 		 327 aa  308  9e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.254793  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09301  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  47.5 
 
 		 327 aa  308  9e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10131  pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit  46.25 
 
 		 327 aa  303  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0453962  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1029  Transketolase central region  47.81 
 
 		 324 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005679 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1489  Transketolase central region  48.16 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1812  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit, putative  48.16 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0733461  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2324  transketolase, central region  50.16 
 
 		 330 aa  301  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2251  Transketolase central region  48.94 
 
 		 328 aa  296  4e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00217042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1973  Transketolase central region  48.63 
 
 		 328 aa  293  3e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2436  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  50.62 
 
 		 328 aa  289  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287851  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0589  transketolase, central region  47.81 
 
 		 331 aa  288  6e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154165  normal  0.609901 
 
 
-
 
NC_002620  TC0517  pyruvate dehydrogenase, E1 component, beta subunit  45.43 
 
 		 328 aa  288  1e-76  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3707  Transketolase central region  49.38 
 
 		 327 aa  286  2e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_12625  predicted protein  47.37 
 
 		 327 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.549131  normal  0.616561 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1616  Transketolase central region  46.46 
 
 		 332 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0824016 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2753  transketolase, central region  49.07 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2680  pyruvate dehydrogenase E1 component  46.56 
 
 		 326 aa  282  4.0000000000000003e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0672  Transketolase central region  45.99 
 
 		 325 aa  282  7.000000000000001e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5215  Transketolase central region  45.2 
 
 		 343 aa  281  1e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18840  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex, dehydrogenase component beta subunit  49.06 
 
 		 356 aa  281  1e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1475  transketolase, central region  46.6 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1418  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.73 
 
 		 456 aa  280  2e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135962 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5165  Transketolase central region  46.56 
 
 		 326 aa  280  3e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2364  Transketolase central region  48 
 
 		 324 aa  279  4e-74  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.177506  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2846  transketolase central region  46.15 
 
 		 325 aa  279  6e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  decreased coverage  0.00429271  normal  0.065717 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2032  transketolase, central region  48.25 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1397  Transketolase central region  45.37 
 
 		 327 aa  275  7e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.684408  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0149  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.2 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0651  hypothetical protein  44.51 
 
 		 325 aa  274  2.0000000000000002e-72  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.208884 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2811  pyruvate dehydrogenase subunit beta  48.44 
 
 		 469 aa  272  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.344502  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4805  Transketolase central region  45.87 
 
 		 337 aa  272  7e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6441  Transketolase central region  46.25 
 
 		 327 aa  269  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.818323 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1267  transketolase, central region  46.73 
 
 		 328 aa  269  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2770  pyruvate dehydrogenase subunit beta  49.2 
 
 		 467 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3050  dehydrogenase complex, E1 component, beta subunit  47.73 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0763  transketolase, central region  46.93 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0780624  normal  0.62016 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13273  dihydrolipoamide acetyltransferase  44.58 
 
 		 325 aa  267  2e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2820  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.86 
 
 		 449 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4462  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.92 
 
 		 459 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.150502 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2490  pyruvate dehydrogenase subunit beta  47.19 
 
 		 465 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.423706 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_20183  precursor of dehydrogenase pyruvate dehydrogenase E1 component beta subunit  46.86 
 
 		 360 aa  265  5.999999999999999e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0098  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.27 
 
 		 332 aa  264  1e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1225  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.65 
 
 		 466 aa  264  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.541326 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5153  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.94 
 
 		 456 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.467221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3015  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.86 
 
 		 482 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.259687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3509  Transketolase central region  44.44 
 
 		 326 aa  262  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4646  Transketolase central region  46.67 
 
 		 327 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2787  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.55 
 
 		 469 aa  260  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3570  Transketolase central region  46.67 
 
 		 327 aa  261  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0714201 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1610  transketolase, central region  44.89 
 
 		 333 aa  259  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.120355  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2910  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.55 
 
 		 483 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0746  pyruvate dehydrogenase subunit beta  46.18 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.339264  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4178  Transketolase central region  43.93 
 
 		 328 aa  258  7e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3890  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.54 
 
 		 456 aa  258  9e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.440755  normal  0.418556 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0929  pyruvate dehydrogenase complex, E1 component, pyruvate dehydrogenase beta subunit  44.41 
 
 		 324 aa  258  1e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0520  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.62 
 
 		 460 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4635  transketolase central region  44.06 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0473  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.11 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.867083  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2012  transketolase central region  45.03 
 
 		 322 aa  257  2e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0679386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1109  transketolase, central region  44.72 
 
 		 325 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0535  pyruvate dehydrogenase subunit beta  42.68 
 
 		 454 aa  257  2e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1092  transketolase, central region  44.72 
 
 		 325 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1120  transketolase, central region  44.72 
 
 		 325 aa  256  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3140  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.9 
 
 		 467 aa  256  3e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5897  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.69 
 
 		 497 aa  256  4e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2176  pyruvate dehydrogenase complex, E1 beta2 component  44.3 
 
 		 327 aa  255  7e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.70271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1750  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.62 
 
 		 474 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6516  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.06 
 
 		 480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2159  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.34 
 
 		 451 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.881738  normal  0.475194 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1727  transketolase, central region  44.72 
 
 		 322 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.35739  normal  0.316381 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6875  transketolase central region  45.94 
 
 		 330 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580767 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2304  Transketolase central region  42.15 
 
 		 327 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0856  putative 2-oxo acid dehydrogenase beta subunit  42.95 
 
 		 324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.389429  normal  0.709595 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7030  transketolase central region  43.65 
 
 		 324 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520255  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0162  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.82 
 
 		 448 aa  252  5.000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00341074 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1817  pyruvate dehydrogenase subunit beta  45.83 
 
 		 465 aa  252  6e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0989  pyruvate dehydrogenase subunit beta  43.45 
 
 		 480 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114856  normal  0.908498 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0449  transketolase domain-containing protein  45.03 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.94075  normal  0.765018 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1039  transketolase, central region  42.81 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0489701  normal  0.0714055 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0028  Transketolase central region  42.51 
 
 		 327 aa  251  2e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1093  pyruvate dehydrogenase subunit beta  44.86 
 
 		 464 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.584062  normal  0.0239853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>