243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2978 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2978  flagellar basal body rod modification protein  100 
 
 		 231 aa  460  1e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.150885  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1336  flagellar basal body rod modification protein  39.73 
 
 		 222 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2595  flagellar basal body rod modification protein  44.29 
 
 		 218 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.613344  hitchhiker  0.000000237471 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0005  flagellar basal body rod modification protein  39.27 
 
 		 222 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3365  flagellar basal body rod modification protein  40.64 
 
 		 220 aa  155  7e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4207  flagellar basal body rod modification protein  42.52 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1623  flagellar basal body rod modification protein  37.7 
 
 		 221 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2186  flagellar hook capping protein  36.18 
 
 		 226 aa  102  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0547  flagellar hook capping protein  34.32 
 
 		 245 aa  98.2  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0186005  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5061  flagellar hook capping protein  36.67 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.433683  normal  0.0695109 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4094  flagellar hook capping protein  27.83 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.370214 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0113  flagellar hook capping protein  32.5 
 
 		 253 aa  90.5  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4462  flagellar hook capping protein  27.75 
 
 		 226 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0756934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4575  flagellar hook capping protein  31.37 
 
 		 223 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.639421 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5120  flagellar hook capping protein  33.52 
 
 		 233 aa  86.3  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.560681  normal  0.0108899 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1185  flagellar hook initiation protein FlgD  31.58 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0247  flagellar hook capping protein  30.45 
 
 		 263 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00661658 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50460  flagellar basal body rod modification protein  30.68 
 
 		 237 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.021036 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4298  flagellar basal body rod modification protein  30.86 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1635  flagellar hook capping protein  28.71 
 
 		 265 aa  85.1  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.122808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3297  flagellar hook capping protein  33.9 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1009  flagellar hook capping protein  31.4 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.100104  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0751  flagellar hook capping protein  34.23 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.873785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0576  flagellar hook capping protein  32.98 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4249  flagellar basal body rod modification protein  36.47 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0344  basal-body rod modification protein FlgD  38.26 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.974182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2565  flagellar hook capping protein  35.23 
 
 		 225 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0763244  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0142  flagellar basal body rod modification protein  31.66 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.937871 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1712  basal-body rod modification protein FlgD  32.81 
 
 		 263 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3479  flagellar basal body rod modification protein  32.47 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0782  flagellar hook capping protein  33.14 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0274  flagellar basal body rod modification protein  49.37 
 
 		 129 aa  77  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3950  flagellar basal body rod modification protein  32.52 
 
 		 233 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2433  flagellar hook capping protein  28.84 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6063  flagellar hook capping protein  32.92 
 
 		 228 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5627  flagellar basal body rod modification protein  30.46 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3792  flagellar basal body rod modification protein  30.65 
 
 		 240 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3736  flagellar basal body rod modification protein  29.48 
 
 		 222 aa  76.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7244  putative flagellar basal-body rod modification protein FlgD  28.5 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1388  flagellar hook capping protein  37.11 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0334116  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3712  flagellar hook capping protein  29.38 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.395074 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4789  flagellar hook capping protein  29.38 
 
 		 215 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.739847  normal  0.428557 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2469  flagellar hook capping protein  35.23 
 
 		 225 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3730  flagellar basal body rod modification protein  30.37 
 
 		 235 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.468195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3433  flagellar hook capping protein  33.12 
 
 		 220 aa  75.1  0.0000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1635  flagellar basal body rod modification protein  30.51 
 
 		 221 aa  74.7  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.904883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1104  flagellar hook capping protein  31.29 
 
 		 225 aa  75.1  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2848  flagellar basal body rod modification protein  33.57 
 
 		 221 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.128669 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1466  flagellar basal body rod modification protein  29.03 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1935  basal-body rod modification protein FlgD  33.33 
 
 		 229 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2950  flagellar basal body rod modification protein  29.74 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.427206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1260  flagellar hook capping protein  28.99 
 
 		 284 aa  73.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3105  flagellar hook capping protein  34.46 
 
 		 218 aa  72.8  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0242  flagellar basal body rod modification protein  28.31 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2968  flagellar basal body rod modification protein  28.75 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.127656  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4389  flagellar basal body rod modification protein  30.86 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0256  flagellar hook capping protein  33.68 
 
 		 224 aa  72  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2933  flagellar basal body rod modification protein  27.5 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.766915 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1292  flagellar hook capping protein  29.41 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0689  flagellar hook capping protein  29.69 
 
 		 221 aa  71.2  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.603097  normal  0.525021 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3068  flagellar basal body rod modification protein  27.5 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1538  flagellar hook capping protein  30.46 
 
 		 218 aa  71.2  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1323  flagellar basal body rod modification protein  29.76 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06155  flagellar basal body rod modification protein  35 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000566097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01011  flagellar basal body rod modification protein  35 
 
 		 221 aa  70.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.695232  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0107  flagellar hook capping protein  30 
 
 		 220 aa  70.1  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00091952  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1269  flagellar hook capping protein  31.39 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.271153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0258  flagellar hook capping protein  31.75 
 
 		 224 aa  70.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2409  flagellar basal body rod modification protein  28.44 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3042  flagellar basal body rod modification protein  27.88 
 
 		 248 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3023  flagellar basal body rod modification protein  28.44 
 
 		 248 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112366  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3581  flagellar hook capping protein  30.32 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0281  flagellar basal body rod modification protein  43.62 
 
 		 138 aa  70.5  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0599272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2053  flagellar basal body rod modification protein  32.1 
 
 		 231 aa  69.7  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251185 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6369  flagellar basal body rod modification protein  29.7 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.338716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4188  flagellar basal body rod modification protein  42.22 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.259184  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01071  flagellar basal body rod modification protein D  31.48 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.600835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2571  flagellar hook capping protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.67756  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1454  flagellar basal body rod modification protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192771 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2423  flagellar basal body rod modification protein  28.93 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1904  flagellar basal body rod modification protein  31.11 
 
 		 227 aa  68.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.141438 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1198  flagellar basal body rod modification protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01079  hypothetical protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.703206  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2525  flagellar basal body rod modification protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.414017  hitchhiker  0.00818545 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1198  flagellar basal body rod modification protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2250  flagellar basal body rod modification protein  31.48 
 
 		 231 aa  68.6  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1134  flagellar basal body rod modification protein  45.59 
 
 		 137 aa  68.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23368  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1774  flagellar hook capping protein  32.58 
 
 		 245 aa  68.2  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1956  flagellar hook capping protein  26.71 
 
 		 228 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3018  flagellar basal body rod modification protein  28.29 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1039  flagellar basal body rod modification protein  45.59 
 
 		 137 aa  68.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.696757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1273  flagellar basal body rod modification protein  29.44 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.41149  normal  0.0170794 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1288  flagellar basal body rod modification protein  29.44 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.126128  normal  0.0193993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3831  flagellar hook capping protein  31.1 
 
 		 221 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2196  flagellar basal body rod modification protein  29.44 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000763375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2000  flagellar basal body rod modification protein  29.3 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2322  flagellar basal body rod modification protein  28.3 
 
 		 228 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1244  flagellar basal body rod modification protein  29.44 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.450688  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2012  flagellar basal body rod modification protein  29.44 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4197  flagellar hook capping protein  27.89 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>