262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4789 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4789  flagellar hook capping protein  100 
 
 
215 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.739847  normal  0.428557 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3712  flagellar hook capping protein  100 
 
 
215 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.395074 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0344  basal-body rod modification protein FlgD  80.31 
 
 
221 aa  286  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.974182  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3736  flagellar basal body rod modification protein  46.7 
 
 
222 aa  171  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1323  flagellar basal body rod modification protein  46.11 
 
 
222 aa  167  9e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1527  flagellar hook capping protein  50 
 
 
225 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5627  flagellar basal body rod modification protein  44.16 
 
 
226 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1555  flagellar basal body rod modification protein  51.45 
 
 
223 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3792  flagellar basal body rod modification protein  50.77 
 
 
240 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0142  flagellar basal body rod modification protein  50.77 
 
 
240 aa  160  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.937871 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2322  flagellar basal body rod modification protein  41.92 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0751  flagellar hook capping protein  45.55 
 
 
229 aa  152  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.873785  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2423  flagellar basal body rod modification protein  41.92 
 
 
228 aa  151  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.563147  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2968  flagellar basal body rod modification protein  42.42 
 
 
225 aa  151  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.127656  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1870  flagellar basal body rod modification protein  45.4 
 
 
224 aa  150  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2000  flagellar basal body rod modification protein  41.41 
 
 
225 aa  149  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2950  flagellar basal body rod modification protein  45.64 
 
 
237 aa  149  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.427206  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0280  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
280 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0464  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
280 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0268  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
280 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.501331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01071  flagellar basal body rod modification protein D  40.8 
 
 
231 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.600835  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01079  hypothetical protein  40.8 
 
 
231 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.703206  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2571  flagellar hook capping protein  40.8 
 
 
231 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.67756  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2922  flagellar hook capping protein  38.03 
 
 
224 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2596  flagellar basal body rod modification protein  41.12 
 
 
224 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.661244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2525  flagellar basal body rod modification protein  40.8 
 
 
231 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.414017  hitchhiker  0.00818545 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1198  flagellar basal body rod modification protein  40.8 
 
 
231 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0242  flagellar basal body rod modification protein  43.27 
 
 
278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1454  flagellar basal body rod modification protein  40.8 
 
 
231 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192771 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3352  flagellar basal body rod modification protein  43.48 
 
 
277 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3327  flagellar basal body rod modification protein  43.48 
 
 
277 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2996  flagellar basal body rod modification protein  43.48 
 
 
277 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2097  flagellar basal body rod modification protein  43.48 
 
 
277 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2053  flagellar basal body rod modification protein  40.8 
 
 
231 aa  144  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.251185 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2409  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
248 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3023  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
248 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112366  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3018  flagellar basal body rod modification protein  43.75 
 
 
247 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24020  flagellar basal body rod modification protein  42.86 
 
 
222 aa  143  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2250  flagellar basal body rod modification protein  40.3 
 
 
231 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2196  flagellar basal body rod modification protein  39.8 
 
 
232 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000763375 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1244  flagellar basal body rod modification protein  39.8 
 
 
232 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.450688  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1273  flagellar basal body rod modification protein  39.8 
 
 
232 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.41149  normal  0.0170794 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1288  flagellar basal body rod modification protein  39.8 
 
 
232 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.126128  normal  0.0193993 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2012  flagellar basal body rod modification protein  39.8 
 
 
232 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6369  flagellar basal body rod modification protein  43.5 
 
 
251 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.338716  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3042  flagellar basal body rod modification protein  48.15 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3716  flagellar hook capping protein  43.98 
 
 
223 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1198  flagellar basal body rod modification protein  40.3 
 
 
231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2933  flagellar basal body rod modification protein  43 
 
 
248 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.766915 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1976  flagellar basal body rod modification protein  39.11 
 
 
235 aa  138  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3068  flagellar basal body rod modification protein  43 
 
 
248 aa  138  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4197  flagellar hook capping protein  41 
 
 
228 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1956  flagellar hook capping protein  40.19 
 
 
228 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1635  flagellar basal body rod modification protein  40.21 
 
 
221 aa  135  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.904883  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1589  flagellar basal body rod modification protein  38.54 
 
 
236 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1466  flagellar basal body rod modification protein  40.41 
 
 
234 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3730  flagellar basal body rod modification protein  40.5 
 
 
235 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.468195  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0567  flagellar hook capping protein  40.7 
 
 
236 aa  132  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4249  flagellar basal body rod modification protein  42.56 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.833484 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4422  flagellar hook capping protein  40.09 
 
 
216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2732  flagellar hook capping protein  39.9 
 
 
224 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000455072 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0631  flagellar hook capping protein  50 
 
 
220 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2376  flagellar hook capping protein  36.77 
 
 
226 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2848  flagellar basal body rod modification protein  36.27 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.128669 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3915  flagellar hook capping protein  39.9 
 
 
221 aa  115  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0387265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3102  flagellar hook capping protein  39.58 
 
 
216 aa  115  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.576147  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3829  flagellar hook capping protein  39.06 
 
 
216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.383027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3479  flagellar basal body rod modification protein  38 
 
 
229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205954  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1388  flagellar hook capping protein  34.54 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0334116  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2469  flagellar hook capping protein  34.72 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2565  flagellar hook capping protein  34.72 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0763244  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1479  basal-body rod modification protein FlgD  32.69 
 
 
256 aa  108  6e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3831  flagellar hook capping protein  40.41 
 
 
221 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1935  basal-body rod modification protein FlgD  37.11 
 
 
229 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4298  flagellar basal body rod modification protein  34.02 
 
 
227 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1305  flagellar basal body rod modification protein  36.46 
 
 
263 aa  106  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50460  flagellar basal body rod modification protein  34.02 
 
 
237 aa  105  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021036 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1790  flagellar basal body rod modification protein  35.95 
 
 
235 aa  105  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0711  flagellar hook capping protein  43.45 
 
 
222 aa  105  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3950  flagellar basal body rod modification protein  36.08 
 
 
233 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1226  flagellar basal body rod modification protein  34.27 
 
 
225 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1226  flagellar basal body rod modification protein  34.27 
 
 
225 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0782  flagellar hook capping protein  33.33 
 
 
230 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1635  flagellar hook capping protein  31.09 
 
 
265 aa  102  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.122808  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2211  flagellar basal-body rod modification protein FlgD  34.08 
 
 
238 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1617  flagellar hook capping protein  32.29 
 
 
222 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3248  flagellar basal body rod modification protein  35.38 
 
 
253 aa  102  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2336  flagellar basal body rod modification protein  35.53 
 
 
236 aa  102  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1323  flagellar basal body rod modification protein  36.41 
 
 
259 aa  101  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4389  flagellar basal body rod modification protein  35.05 
 
 
233 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459754  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1774  flagellar hook capping protein  33.83 
 
 
245 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1219  flagellar hook capping protein  33.33 
 
 
226 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.248011  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0895  flagellar hook capping protein  30.1 
 
 
222 aa  101  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1904  flagellar basal body rod modification protein  39.16 
 
 
227 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.141438 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1185  flagellar hook initiation protein FlgD  32.57 
 
 
218 aa  100  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2289  flagellar hook capping protein  32.43 
 
 
229 aa  100  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0518  flagellar hook capping protein  30.26 
 
 
293 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3085  flagellar basal body rod modification protein  34.36 
 
 
282 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1292  flagellar hook capping protein  28.91 
 
 
221 aa  99.4  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1599  flagellar basal body rod modification protein  37.66 
 
 
270 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>