238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1139 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1139  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 234 aa  474  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.689072 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2138  uracil-DNA glycosylase  62.02 
 
 		 222 aa  232  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.205482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2154  uracil-DNA glycosylase  58.29 
 
 		 232 aa  208  6e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.249827  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0362  uracil-DNA glycosylase  53.68 
 
 		 232 aa  199  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0490386  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1297  uracil-DNA glycosylase  45.96 
 
 		 268 aa  188  7e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00279375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  46.79 
 
 		 225 aa  186  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0922  uracil-DNA glycosylase  47.76 
 
 		 226 aa  186  3e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000179843  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 225 aa  185  5e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 225 aa  185  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 225 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  47.42 
 
 		 223 aa  184  7e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4548  uracil-DNA glycosylase  47.8 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  48.34 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  48.34 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  45.93 
 
 		 225 aa  182  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  46.92 
 
 		 225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  47.6 
 
 		 229 aa  181  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  48.44 
 
 		 225 aa  181  8.000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31640  Uracil-DNA glycosylase  51.63 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.720517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2541  uracil-DNA glycosylase  45.8 
 
 		 329 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  48.08 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5430  uracil-DNA glycosylase  46.41 
 
 		 225 aa  178  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  45.58 
 
 		 233 aa  178  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  47.49 
 
 		 225 aa  178  7e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1676  uracil-DNA glycosylase  48.97 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0536187  normal  0.595891 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0228  uracil-DNA glycosylase  45.21 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  47.74 
 
 		 243 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0397  uracil-DNA glycosylase  47.14 
 
 		 229 aa  176  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.359974  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  47.74 
 
 		 247 aa  176  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  47.64 
 
 		 269 aa  176  3e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0604  uracil-DNA glycosylase  45.21 
 
 		 218 aa  175  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0618  uracil-DNA glycosylase  45.21 
 
 		 218 aa  175  6e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.378617  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0813  uracil-DNA glycosylase  49.74 
 
 		 227 aa  174  7e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0733111 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2839  uracil-DNA glycosylase  43.4 
 
 		 225 aa  174  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0009  uracil-DNA glycosylase  46.26 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0112  uracil-DNA glycosylase  45.07 
 
 		 232 aa  172  3.9999999999999995e-42  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  48.68 
 
 		 231 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2838  uracil-DNA glycosylase  50.26 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.21955  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  47.37 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  48.68 
 
 		 231 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  46.88 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1622  uracil-DNA glycosylase  49.21 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212304  normal  0.240116 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1041  uracil-DNA glycosylase  50 
 
 		 217 aa  170  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000282189  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2152  uracil-DNA glycosylase  46.85 
 
 		 225 aa  170  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.520408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1467  uracil-DNA glycosylase  47.87 
 
 		 220 aa  169  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0576921  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  45.67 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  47.26 
 
 		 229 aa  169  4e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0465  uracil-DNA glycosylase  42.2 
 
 		 226 aa  168  6e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.878798  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2583  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 234 aa  168  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.335416  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1436  Uracil-DNA glycosylase  46.74 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.910626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  47.09 
 
 		 232 aa  168  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  48.66 
 
 		 228 aa  167  9e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4215  uracil-DNA glycosylase  51.16 
 
 		 225 aa  167  9e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.098635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  44.02 
 
 		 231 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09210  Uracil-DNA glycosylase  49.74 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.031789  normal  0.516797 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0239  uracil-DNA glycosylase  44.12 
 
 		 219 aa  167  1e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.322899  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2944  uracil-DNA glycosylase  49.21 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.551901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0728  uracil-DNA glycosylase  44.39 
 
 		 238 aa  166  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  42.06 
 
 		 223 aa  166  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  48.21 
 
 		 261 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  165  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  46.77 
 
 		 229 aa  165  4e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  44.88 
 
 		 241 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1403  uracil-DNA glycosylase  48.62 
 
 		 233 aa  166  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.117941 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0977  uracil-DNA glycosylase  44.88 
 
 		 221 aa  166  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00168707  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0081  uracil-DNA glycosylase  47.28 
 
 		 231 aa  165  5e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.110525  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  47.06 
 
 		 222 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0224  uracil-DNA glycosylase  44.44 
 
 		 211 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  47.21 
 
 		 229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0121  uracil-DNA glycosylase  47.28 
 
 		 231 aa  165  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  46.27 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  46.27 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4644  uracil-DNA glycosylase  44.8 
 
 		 234 aa  164  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.507237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  45.5 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0893  uracil-DNA glycosylase  44.33 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00328532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3221  uracil-DNA glycosylase  42.66 
 
 		 221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00088309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  48.4 
 
 		 241 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  44.12 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  46.27 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  41.86 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  48.37 
 
 		 225 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21850  Uracil-DNA glycosylase  46.4 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00151672  normal  0.371882 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  47.59 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3129  uracil-DNA glycosylase  44.33 
 
 		 219 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000726683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0965  uracil-DNA glycosylase  43.26 
 
 		 221 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0201981  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_94976  predicted protein  40 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.978497 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  47.59 
 
 		 253 aa  162  3e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  44.61 
 
 		 222 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  48.15 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>