238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2820 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  76.75 
 
 		 235 aa  374  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  75.44 
 
 		 233 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  74.01 
 
 		 233 aa  355  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  70 
 
 		 261 aa  333  1e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  67.26 
 
 		 229 aa  315  3e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  62.45 
 
 		 232 aa  296  1e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  62.67 
 
 		 231 aa  297  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  62.22 
 
 		 229 aa  295  6e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  61.78 
 
 		 230 aa  292  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 229 aa  292  4e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  61.33 
 
 		 230 aa  291  6e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  59.56 
 
 		 231 aa  290  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2378  uracil-DNA glycosylase  64.5 
 
 		 234 aa  289  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155716  normal  0.0973542 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  60.89 
 
 		 230 aa  289  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  60.18 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  60.89 
 
 		 230 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  60.89 
 
 		 230 aa  288  6e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  60.18 
 
 		 241 aa  286  1e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  62.26 
 
 		 218 aa  286  2e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  60 
 
 		 230 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  60.27 
 
 		 243 aa  281  7.000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  58.37 
 
 		 253 aa  275  3e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  58.37 
 
 		 253 aa  275  4e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  57.34 
 
 		 226 aa  274  8e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  57.96 
 
 		 231 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  57.96 
 
 		 231 aa  272  3e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  57.53 
 
 		 223 aa  266  2e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  56.82 
 
 		 221 aa  265  5.999999999999999e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  55.5 
 
 		 226 aa  263  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  52.31 
 
 		 222 aa  262  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  55.56 
 
 		 226 aa  261  8.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  56.76 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  53.85 
 
 		 223 aa  260  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 225 aa  259  3e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  53.98 
 
 		 269 aa  259  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  54.71 
 
 		 225 aa  259  3e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  56.76 
 
 		 228 aa  259  4e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  53.67 
 
 		 224 aa  259  4e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  56.22 
 
 		 221 aa  257  9e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0009  uracil-DNA glycosylase  54.55 
 
 		 224 aa  257  1e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0362  uracil-DNA glycosylase  52.86 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0490386  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  56.56 
 
 		 228 aa  256  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  57.47 
 
 		 227 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  53.36 
 
 		 222 aa  255  3e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  57.33 
 
 		 304 aa  255  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  55.96 
 
 		 225 aa  254  7e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0465  uracil-DNA glycosylase  52.02 
 
 		 226 aa  254  8e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.878798  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  58.67 
 
 		 226 aa  254  8e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3688  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 		 222 aa  254  8e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3670  uracil-DNA glycosylase  58.74 
 
 		 237 aa  253  2.0000000000000002e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.769625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  56.89 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  57.59 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  53.67 
 
 		 219 aa  253  3e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  52.07 
 
 		 222 aa  253  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0246  uracil-DNA glycosylase  54.3 
 
 		 221 aa  252  4.0000000000000004e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  57.78 
 
 		 301 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3988  uracil-DNA glycosylase  53.21 
 
 		 222 aa  251  6e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.409874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  53.7 
 
 		 221 aa  251  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2033  uracil-DNA glycosylase  52.73 
 
 		 221 aa  251  9.000000000000001e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  56.89 
 
 		 308 aa  250  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  55.76 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  55.76 
 
 		 229 aa  250  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  56.89 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  53 
 
 		 222 aa  249  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  56.89 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  55.76 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  54.05 
 
 		 228 aa  249  3e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  53.18 
 
 		 225 aa  249  3e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2059  uracil-DNA glycosylase  55.7 
 
 		 245 aa  249  4e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.963745 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0347  uracil-DNA glycosylase  52.25 
 
 		 235 aa  248  7e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  55.3 
 
 		 229 aa  247  9e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  55.3 
 
 		 229 aa  247  9e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  55.25 
 
 		 224 aa  247  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 279 aa  245  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4548  uracil-DNA glycosylase  52.53 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  55.35 
 
 		 229 aa  245  4e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0081  uracil-DNA glycosylase  49.77 
 
 		 231 aa  245  4.9999999999999997e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.110525  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0397  uracil-DNA glycosylase  52.47 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.359974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  245  6e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0121  uracil-DNA glycosylase  49.77 
 
 		 231 aa  245  6e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0093  uracil-DNA glycosylase  50.23 
 
 		 231 aa  245  6e-64  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0112  uracil-DNA glycosylase  52.91 
 
 		 232 aa  244  8e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 268 aa  244  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 271 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1676  uracil-DNA glycosylase  52.44 
 
 		 245 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0536187  normal  0.595891 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 259 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 259 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 259 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  51.6 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2839  uracil-DNA glycosylase  51.36 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  54.87 
 
 		 262 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  51.35 
 
 		 225 aa  242  3e-63  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1822  uracil-DNA glycosylase  55.66 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>