238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0434 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0434  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.227613  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0458  uracil-DNA glycosylase  99.01 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0501  uracil-DNA glycosylase  87.34 
 
 		 308 aa  522  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2576  uracil-DNA glycosylase  87.87 
 
 		 305 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0529  uracil-DNA glycosylase  87.87 
 
 		 305 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3616  uracil-DNA glycosylase  89.14 
 
 		 301 aa  508  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2865  uracil-DNA glycosylase  87.17 
 
 		 301 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.644996  normal  0.824735 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0456  uracil-DNA glycosylase  72 
 
 		 279 aa  428  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3501  uracil-DNA glycosylase  84.45 
 
 		 253 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000421907 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3561  uracil-DNA glycosylase  84.75 
 
 		 262 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.922311  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3588  uracil-DNA glycosylase  84.75 
 
 		 262 aa  421  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3580  uracil-DNA glycosylase  84.32 
 
 		 271 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.386025  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2914  uracil-DNA glycosylase  82.57 
 
 		 271 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  83.9 
 
 		 268 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0649  uracil-DNA glycosylase  83.9 
 
 		 259 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  83.9 
 
 		 259 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1915  uracil-DNA glycosylase  83.9 
 
 		 259 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2703  uracil-DNA glycosylase  69.18 
 
 		 270 aa  388  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3183  uracil-DNA glycosylase  62.9 
 
 		 256 aa  298  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.315974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3129  uracil-DNA glycosylase  64.61 
 
 		 263 aa  298  8e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.532075 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2764  uracil-DNA glycosylase  64.56 
 
 		 263 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3028  uracil-DNA glycosylase  65.24 
 
 		 255 aa  288  8e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0789088  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2887  uracil-DNA glycosylase  61.7 
 
 		 266 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.557481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  56.89 
 
 		 241 aa  254  9e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 		 227 aa  253  3e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 		 228 aa  251  9.000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  56.64 
 
 		 228 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  53.85 
 
 		 226 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  53.3 
 
 		 226 aa  248  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  56.7 
 
 		 228 aa  245  6.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  54.71 
 
 		 226 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  54.02 
 
 		 230 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  54.22 
 
 		 228 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  53.57 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  56.16 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  56.16 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  56.16 
 
 		 229 aa  239  4e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  49.55 
 
 		 224 aa  238  8e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  53.33 
 
 		 232 aa  238  9e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  52.44 
 
 		 235 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  51.8 
 
 		 223 aa  237  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  55.71 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  52.23 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  54.63 
 
 		 231 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  51.1 
 
 		 231 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  55.25 
 
 		 229 aa  235  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  52.85 
 
 		 261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  56.16 
 
 		 229 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  53.39 
 
 		 225 aa  233  3e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 229 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  52.04 
 
 		 221 aa  232  5e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  53.42 
 
 		 225 aa  232  6e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3577  uracil-DNA glycosylase  51.57 
 
 		 222 aa  232  6e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  49.78 
 
 		 240 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  52.23 
 
 		 230 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  51.11 
 
 		 233 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  54.37 
 
 		 218 aa  230  2e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  47.64 
 
 		 225 aa  230  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1121  uracil-DNA glycosylase  53.33 
 
 		 228 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0977602  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3595  uracil-DNA glycosylase  53.33 
 
 		 228 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  53.33 
 
 		 228 aa  229  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  51.79 
 
 		 233 aa  229  4e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  48.65 
 
 		 222 aa  229  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  55.51 
 
 		 226 aa  228  9e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  51.34 
 
 		 230 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  52.21 
 
 		 229 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  47.21 
 
 		 225 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  51.34 
 
 		 230 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  47.79 
 
 		 225 aa  226  4e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  52.65 
 
 		 229 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  50.89 
 
 		 230 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  48.67 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  48.67 
 
 		 231 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  49.12 
 
 		 223 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 225 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 225 aa  222  6e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  46.26 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  45.18 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1229  putative uracil-DNA glycosylase  50.45 
 
 		 218 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  46.05 
 
 		 225 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  47.14 
 
 		 225 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4288  uracil-DNA glycosylase  48.87 
 
 		 225 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 225 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1283  uracil-DNA glycosylase  45.66 
 
 		 216 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0138995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  54.72 
 
 		 243 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  50.89 
 
 		 253 aa  219  5e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  50.89 
 
 		 253 aa  219  6e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 225 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  46.7 
 
 		 225 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5430  uracil-DNA glycosylase  45.61 
 
 		 225 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  49.55 
 
 		 241 aa  216  2.9999999999999998e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  47.79 
 
 		 269 aa  216  4e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>