240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3560 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3560  uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 233 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2992  uracil-DNA glycosylase  73.91 
 
 		 235 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3241  uracil-DNA glycosylase  73.48 
 
 		 233 aa  361  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2820  uracil-DNA glycosylase  74.01 
 
 		 241 aa  355  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.840691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3206  uracil-DNA glycosylase  69.47 
 
 		 261 aa  322  4e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.240216 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2096  uracil-DNA glycosylase  66.82 
 
 		 229 aa  307  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13610  uracil-DNA glycosylase  62.88 
 
 		 232 aa  305  5.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2378  uracil-DNA glycosylase  66.38 
 
 		 234 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.155716  normal  0.0973542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1381  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 229 aa  296  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541157  normal  0.225249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54590  uracil-DNA glycosylase  61.26 
 
 		 231 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000185097  normal  0.0296541 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0808  uracil-DNA glycosylase  61.4 
 
 		 231 aa  292  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4770  uracil-DNA glycosylase  61.26 
 
 		 231 aa  292  3e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.740506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3970  uracil-DNA glycosylase  60.79 
 
 		 230 aa  291  6e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.439338  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4236  uracil-DNA glycosylase  60.35 
 
 		 230 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1349  uracil-DNA glycosylase  58.41 
 
 		 231 aa  288  4e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.170175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4397  uracil-DNA glycosylase  61.71 
 
 		 230 aa  288  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1413  uracil-DNA glycosylase  62.16 
 
 		 230 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0362  uracil-DNA glycosylase  61.4 
 
 		 232 aa  286  2e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0490386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03712  uracil-DNA glycosylase  61.33 
 
 		 241 aa  284  9e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3454  uracil-DNA glycosylase  60.96 
 
 		 229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0594128 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1556  uracil-DNA glycosylase  58.74 
 
 		 225 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.478183 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4308  uracil-DNA glycosylase  61.26 
 
 		 230 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1218  uracil-DNA glycosylase  62.74 
 
 		 218 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.145482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1084  uracil-DNA glycosylase  61.09 
 
 		 240 aa  280  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000321985  hitchhiker  0.00000000131635 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1054  uracil-DNA glycosylase  59.46 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2269  uracil-DNA glycosylase  59.45 
 
 		 243 aa  274  9e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2152  uracil-DNA glycosylase  57.52 
 
 		 253 aa  271  6e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.957234  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2241  uracil-DNA glycosylase  57.52 
 
 		 253 aa  271  7e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0009  uracil-DNA glycosylase  58.64 
 
 		 224 aa  271  8.000000000000001e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1590  uracil-DNA glycosylase  56.44 
 
 		 269 aa  270  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000051966  hitchhiker  0.00000589305 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3919  uracil-DNA glycosylase  58.64 
 
 		 225 aa  270  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2586  uracil-DNA glycosylase  58.45 
 
 		 222 aa  268  5.9999999999999995e-71  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0481  uracil-DNA glycosylase  57.99 
 
 		 223 aa  267  8.999999999999999e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0802006  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2059  uracil-DNA glycosylase  59.19 
 
 		 245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.963745 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0465  uracil-DNA glycosylase  55.61 
 
 		 226 aa  265  4e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.878798  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4548  uracil-DNA glycosylase  54.5 
 
 		 225 aa  264  1e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0397  uracil-DNA glycosylase  57.59 
 
 		 229 aa  261  8e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.359974  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3670  uracil-DNA glycosylase  59.19 
 
 		 237 aa  259  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.769625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0198  uracil-DNA glycosylase  57.27 
 
 		 221 aa  259  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.495889  normal  0.174961 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5297  uracil-DNA glycosylase  57.14 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.355342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0258  uracil-DNA glycosylase  55.91 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004450  uracil-DNA glycosylase  56.42 
 
 		 226 aa  256  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0252327  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0249  uracil-DNA glycosylase  55.45 
 
 		 225 aa  254  8e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00945  uracil-DNA glycosylase  56.42 
 
 		 226 aa  254  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02474  uracil-DNA glycosylase  56.25 
 
 		 229 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.386825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02438  hypothetical protein  56.25 
 
 		 229 aa  252  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.372619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2831  uracil-DNA glycosylase  56.22 
 
 		 221 aa  252  3e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00406873  normal  0.934783 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5191  uracil-DNA glycosylase  55 
 
 		 225 aa  251  5.000000000000001e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3256  uracil-DNA glycosylase  58.59 
 
 		 226 aa  251  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1497  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 247 aa  251  7e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0754216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1676  uracil-DNA glycosylase  54.22 
 
 		 245 aa  251  7e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0536187  normal  0.595891 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3817  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 		 229 aa  251  9.000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.01333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1058  uracil-DNA glycosylase  54.26 
 
 		 225 aa  250  1e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1088  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0467841  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1097  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00580941  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_002950  PG0237  uracil-DNA glycosylase  56.82 
 
 		 222 aa  249  2e-65  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2956  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0497126  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0246  uracil-DNA glycosylase  54.75 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2737  uracil-DNA glycosylase  55.8 
 
 		 229 aa  249  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0000100069  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2033  uracil-DNA glycosylase  54.09 
 
 		 221 aa  249  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2796  uracil-DNA glycosylase  55.81 
 
 		 228 aa  248  5e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.416019  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3371  uracil-DNA glycosylase  55.71 
 
 		 224 aa  248  6e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000031363  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2733  uracil-DNA glycosylase  55.36 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00800854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2867  uracil-DNA glycosylase  55.36 
 
 		 229 aa  248  7e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0155178  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2551  uracil-DNA glycosylase  54.59 
 
 		 224 aa  248  7e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1938  uracil-DNA glycosylase  55.56 
 
 		 226 aa  248  7e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104572  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2288  uracil-DNA glycosylase  55.25 
 
 		 223 aa  248  8e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4813e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1562  uracil-DNA glycosylase  52.94 
 
 		 223 aa  248  8e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.118173  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5521  uracil-DNA glycosylase  54.55 
 
 		 225 aa  248  9e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3082  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 		 228 aa  247  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0349858  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3314  uracil-DNA glycosylase  51.8 
 
 		 222 aa  246  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.518113  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0400  hypothetical protein  53.88 
 
 		 220 aa  246  2e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5096  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601619  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1193  uracil-DNA glycosylase  57.21 
 
 		 228 aa  246  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00106549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5577  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3484  uracil-DNA glycosylase  55.25 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3073  uracil-DNA glycosylase  52.78 
 
 		 222 aa  246  2e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.906111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3065  uracil-DNA glycosylase  55.2 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.550581  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2757  uracil-DNA glycosylase  54.19 
 
 		 229 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00257883  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5527  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.77536  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0951  uracil-DNA glycosylase  55.56 
 
 		 225 aa  245  4e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2863  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466868  normal  0.345403 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2841  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.619436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2975  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2859  uracil-DNA glycosylase  53.74 
 
 		 229 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  0.53223 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5493  uracil-DNA glycosylase  54.55 
 
 		 225 aa  245  6e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5430  uracil-DNA glycosylase  54.09 
 
 		 225 aa  244  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5079  uracil-DNA glycosylase  54.09 
 
 		 225 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000684584  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2726  uracil-DNA glycosylase  52.94 
 
 		 223 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3683  uracil-DNA glycosylase  57.73 
 
 		 227 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000721221  normal  0.0564802 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5250  uracil-DNA glycosylase  54.09 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5648  uracil-DNA glycosylase  54.09 
 
 		 225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03325  uracil-DNA glycosylase  54.84 
 
 		 221 aa  243  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100053  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2912  uracil-DNA glycosylase  53.64 
 
 		 221 aa  243  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0496469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2929  uracil-DNA glycosylase  53.92 
 
 		 219 aa  241  7e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000416129  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1057  uracil-DNA glycosylase  53.95 
 
 		 228 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0610651  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1173  uracil-DNA glycosylase  56.56 
 
 		 228 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0255291  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0528  uracil-DNA glycosylase  55.36 
 
 		 268 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822722  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0922  uracil-DNA glycosylase  52.25 
 
 		 226 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000179843  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0945  uracil-DNA glycosylase  55.36 
 
 		 259 aa  238  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>