197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0900 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0900  hypothetical protein  100 
 
 		 333 aa  652    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.71 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.109193 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  30.54 
 
 		 317 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.86 
 
 		 313 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  33.94 
 
 		 317 aa  93.6  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  30.07 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  30.07 
 
 		 317 aa  92  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  24.63 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  30.39 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  28.79 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  29.08 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  31.25 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  30.94 
 
 		 292 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  31.27 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.66 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0131  hypothetical protein  29.29 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  33.33 
 
 		 317 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0070  hypothetical protein  30.18 
 
 		 331 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.215988  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  27.74 
 
 		 311 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3834  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.9 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  30.54 
 
 		 347 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.09 
 
 		 333 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  27.7 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  28.11 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  28.32 
 
 		 289 aa  74.7  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  25.26 
 
 		 291 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  27.37 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  31.44 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  32.42 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  26.37 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.3 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.33 
 
 		 305 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.16 
 
 		 314 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  27.92 
 
 		 292 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1379  permease  26.34 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.139732  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.91 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3544  hypothetical protein  31.72 
 
 		 334 aa  71.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.298443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.44 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0238  hypothetical protein  29.13 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.745295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0987  RarD family transporter  32.2 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  26.76 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  25.75 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2646  hypothetical protein  32.2 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  26.98 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  28.91 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3987  hypothetical protein  28.46 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.279152 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0175  hypothetical protein  28.19 
 
 		 281 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.812407  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2596  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.86 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0341  hypothetical protein  31.67 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.514286 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0355  hypothetical protein  31.67 
 
 		 308 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4162  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.55 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  31.91 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1711  RhaT family protein  31.67 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.466454  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  26.37 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  26.25 
 
 		 342 aa  68.2  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  26.69 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  25 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  31.91 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  28.92 
 
 		 292 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  28.72 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.77 
 
 		 293 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3772  hypothetical protein  27.03 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  30.17 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  28.57 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0156  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.75 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.310951  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  28.5 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.29 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  27.18 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  28.44 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  29.78 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2232  hypothetical protein  23.31 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.74 
 
 		 318 aa  62.8  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0156  hypothetical protein  27.41 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.294912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3467  hypothetical protein  26.51 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2661  hypothetical protein  24.9 
 
 		 319 aa  62.4  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000272  permease  24.89 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  30.34 
 
 		 288 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  26.16 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1207  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.64 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1859  hypothetical protein  28.04 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  28.29 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  27.14 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  22.97 
 
 		 319 aa  60.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28664  DMT family transporter: drug/metabolite  25.27 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  32.07 
 
 		 288 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  29.54 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0666  hypothetical protein  26.89 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1095  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.4 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000428638  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  26.88 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  25.8 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05630  hypothetical protein  25.22 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5348  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.46 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  29.11 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.89 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  25.96 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0424  DMT family permease  28.8 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  26.76 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0270  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.94 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  26.76 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>