More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3956 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3669  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  86.04 
 
 
566 aa  1013    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3956  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
566 aa  1139    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  86.75 
 
 
566 aa  1025    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0353953  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2964  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  54.06 
 
 
564 aa  563  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589522 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0893  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  51.13 
 
 
575 aa  538  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330722  normal  0.0780403 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1632  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.16 
 
 
565 aa  443  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3626  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.23 
 
 
586 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2290  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.38 
 
 
569 aa  435  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0753  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.93 
 
 
592 aa  422  1e-117  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0788  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  45.26 
 
 
588 aa  395  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2158  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.6 
 
 
589 aa  371  1e-101  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.812368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.35 
 
 
594 aa  316  9e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2865  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  35.96 
 
 
588 aa  223  9e-57  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.643493  normal  0.225438 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0846  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.83 
 
 
595 aa  223  9e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5151  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.33 
 
 
618 aa  212  2e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0571898  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3445  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.33 
 
 
612 aa  211  3e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464182  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  30.35 
 
 
1264 aa  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.18 
 
 
969 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.5 
 
 
605 aa  146  9e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  30.58 
 
 
1253 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.07 
 
 
971 aa  144  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0582  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.52 
 
 
966 aa  144  6e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.041044 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0500  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.84 
 
 
972 aa  142  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438717  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  29.2 
 
 
500 aa  142  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0474  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.69 
 
 
529 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.17 
 
 
790 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0435  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.59 
 
 
970 aa  140  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.305696  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3729  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.72 
 
 
943 aa  139  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.552072  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0552  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.31 
 
 
531 aa  139  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.667644  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  34.41 
 
 
683 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2849  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.89 
 
 
933 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1130  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.44 
 
 
943 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  29.09 
 
 
644 aa  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0508  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain M  28.4 
 
 
499 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000163951  hitchhiker  0.000000287422 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3982  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.73 
 
 
932 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.728427 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29 
 
 
662 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1591  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.84 
 
 
1024 aa  134  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156246  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1289  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.79 
 
 
959 aa  134  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5269  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.41 
 
 
967 aa  134  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04209  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.5 
 
 
938 aa  133  7.999999999999999e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  30.89 
 
 
1265 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0044  NADH dehydrogenase (quinone)  28.4 
 
 
525 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.33239 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4909  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.42 
 
 
635 aa  131  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  32.73 
 
 
997 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1667  NADH dehydrogenase subunit L  28.72 
 
 
612 aa  130  6e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0030  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.17 
 
 
973 aa  130  6e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.94 
 
 
656 aa  130  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  27.87 
 
 
609 aa  130  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0148  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.88 
 
 
961 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525301  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  28.73 
 
 
617 aa  130  9.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0676  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.79 
 
 
958 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.685359  normal  0.485202 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  30.54 
 
 
1245 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0890  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.23 
 
 
507 aa  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.50733  normal  0.143167 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1100  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.44 
 
 
953 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0546017  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.66 
 
 
538 aa  127  5e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  31.14 
 
 
617 aa  127  7e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1441  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.68 
 
 
930 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.963541 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.39 
 
 
624 aa  126  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  30.91 
 
 
792 aa  126  1e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2484  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  31.76 
 
 
931 aa  126  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0210  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  28.93 
 
 
525 aa  126  1e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.924509  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  30.72 
 
 
674 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1042  hydrogenase subunit F  29.59 
 
 
482 aa  125  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  25.23 
 
 
672 aa  124  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  25.3 
 
 
672 aa  125  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  29.87 
 
 
644 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.32 
 
 
513 aa  124  4e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  29.27 
 
 
672 aa  124  4e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.63 
 
 
538 aa  124  4e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  25.06 
 
 
672 aa  124  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0875  hydrogenase subunit F  28.96 
 
 
482 aa  123  7e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00115046 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  26.63 
 
 
672 aa  123  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1781  hydrogenase subunit F  28.53 
 
 
482 aa  123  8e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  26.63 
 
 
672 aa  123  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  26.63 
 
 
672 aa  123  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  26.83 
 
 
522 aa  123  9e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  33.33 
 
 
495 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3715  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.75 
 
 
952 aa  122  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.593151  normal  0.752355 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3805  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.31 
 
 
969 aa  123  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.761799 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2102  NADH dehydrogenase (quinone)  31.27 
 
 
793 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25180  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  27.2 
 
 
526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0648794  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1518  NADH dehydrogenase subunit L  26.54 
 
 
613 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.282876  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0937  hydrogenase subunit F  28.46 
 
 
482 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  29.81 
 
 
633 aa  122  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.46 
 
 
642 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2874  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.33 
 
 
799 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000289402  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0063  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.97 
 
 
947 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  28.23 
 
 
1265 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.62 
 
 
538 aa  120  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  33.22 
 
 
654 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5212  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.12 
 
 
523 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.0000590255  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  28.26 
 
 
596 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0192  NADH dehydrogenase subunit L  23.63 
 
 
610 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.51 
 
 
643 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.937058  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0903  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.75 
 
 
932 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0217477  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  27.76 
 
 
596 aa  119  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  31.88 
 
 
473 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3530  NADH dehydrogenase (quinone)  31.83 
 
 
470 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0697  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.2 
 
 
946 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156614  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3857  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.6 
 
 
958 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>