More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3626 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3626  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  100 
 
 
586 aa  1151    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0753  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  52.53 
 
 
592 aa  590  1e-167  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.387664 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0788  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  49.26 
 
 
588 aa  496  1e-139  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1603  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.64 
 
 
594 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2158  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  53.14 
 
 
589 aa  456  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.812368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3669  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.08 
 
 
566 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3287  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  49.18 
 
 
566 aa  449  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0353953  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3956  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  47.23 
 
 
566 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2290  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  45.49 
 
 
569 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1632  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  44.01 
 
 
565 aa  424  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2964  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  46.06 
 
 
564 aa  420  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589522 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0893  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  43.29 
 
 
575 aa  391  1e-107  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.330722  normal  0.0780403 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0846  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  36.85 
 
 
595 aa  273  7e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2865  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  41.15 
 
 
588 aa  262  1e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.643493  normal  0.225438 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5151  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.45 
 
 
618 aa  243  6e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0571898  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3445  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.02 
 
 
612 aa  234  4.0000000000000004e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464182  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0379  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.55 
 
 
605 aa  166  9e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000000000619684  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  32.93 
 
 
1264 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1042  hydrogenase subunit F  31.76 
 
 
482 aa  157  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0474  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.21 
 
 
529 aa  156  9e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1781  hydrogenase subunit F  31.13 
 
 
482 aa  156  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  32.45 
 
 
673 aa  154  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0875  hydrogenase subunit F  30.66 
 
 
482 aa  154  5e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00115046 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0552  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  28.91 
 
 
531 aa  150  6e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.667644  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  32.05 
 
 
671 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  34.58 
 
 
1245 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  31.36 
 
 
1253 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0937  hydrogenase subunit F  30.47 
 
 
482 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0985  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.82 
 
 
624 aa  147  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.25 
 
 
525 aa  145  2e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  27 
 
 
500 aa  145  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  32.15 
 
 
672 aa  145  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  31.73 
 
 
683 aa  144  7e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  29.91 
 
 
522 aa  143  9e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  31.47 
 
 
609 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  30.99 
 
 
577 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  31.16 
 
 
1265 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  28.04 
 
 
654 aa  140  7e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  27.16 
 
 
654 aa  140  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  28.68 
 
 
654 aa  140  7.999999999999999e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7680  NADH dehydrogenase subunit L  30.14 
 
 
638 aa  139  1e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0917  NADH dehydrogenase (quinone)  27.52 
 
 
486 aa  139  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.958268  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.69 
 
 
790 aa  137  4e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  28.44 
 
 
662 aa  137  5e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  26.98 
 
 
634 aa  137  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  26.27 
 
 
644 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  30.36 
 
 
628 aa  136  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  30.26 
 
 
672 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  30.26 
 
 
672 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.94 
 
 
969 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  26.99 
 
 
662 aa  135  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6671  NADH dehydrogenase subunit L  28.9 
 
 
644 aa  135  1.9999999999999998e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.421809  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  30.26 
 
 
672 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2806  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.82 
 
 
997 aa  135  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.448623 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  30.26 
 
 
672 aa  135  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03270  NADH dehydrogenase subunit L  28.8 
 
 
632 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  31.9 
 
 
748 aa  134  5e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  28.55 
 
 
642 aa  134  5e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1420  NADH dehydrogenase (quinone)  30.38 
 
 
1265 aa  134  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  30.26 
 
 
672 aa  134  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  27.27 
 
 
667 aa  134  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  29.13 
 
 
480 aa  134  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  26.99 
 
 
683 aa  134  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  26.08 
 
 
644 aa  133  9e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  30.26 
 
 
672 aa  133  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  31.36 
 
 
792 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1217  NADH dehydrogenase subunit M  27.27 
 
 
614 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4909  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.25 
 
 
635 aa  133  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  29.72 
 
 
643 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  31.43 
 
 
687 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3531  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.92 
 
 
971 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3692  NADH dehydrogenase (quinone)  29.07 
 
 
500 aa  132  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3715  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.13 
 
 
952 aa  131  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.593151  normal  0.752355 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.36 
 
 
759 aa  131  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  25.89 
 
 
617 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1081  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  27.5 
 
 
524 aa  131  4.0000000000000003e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.346579  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0500  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.93 
 
 
972 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.438717  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1591  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.35 
 
 
1024 aa  131  4.0000000000000003e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.156246  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1353  hydrogenase subunit F  29.59 
 
 
481 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.178859  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3531  NADH dehydrogenase (quinone)  29.07 
 
 
610 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0030  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  28.4 
 
 
973 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1123  putative NADH dehydrogenase  34.94 
 
 
498 aa  130  6e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0103051  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  26.48 
 
 
748 aa  130  9.000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  29.02 
 
 
673 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  26.82 
 
 
620 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2161  NADH dehydrogenase (quinone)  35.74 
 
 
501 aa  129  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0435  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  29.68 
 
 
970 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.305696  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  30.25 
 
 
655 aa  128  3e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4407  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.35 
 
 
636 aa  128  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0742  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.72 
 
 
538 aa  128  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.737297  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3695  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  30.73 
 
 
782 aa  128  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1959  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  26.53 
 
 
653 aa  128  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0502995 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0669  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.97 
 
 
538 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1280  NADH dehydrogenase (quinone)  30 
 
 
499 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0164  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.37 
 
 
538 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.697364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  31.41 
 
 
531 aa  128  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  27.55 
 
 
642 aa  127  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.97 
 
 
758 aa  127  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4452  NADH dehydrogenase subunit L  27.58 
 
 
651 aa  127  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  29.37 
 
 
679 aa  127  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>