More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0206 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  100 
 
 
504 aa  1034    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  59.49 
 
 
504 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  55.65 
 
 
475 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.66 
 
 
470 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.14 
 
 
475 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.08 
 
 
478 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  53.24 
 
 
472 aa  498  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.82 
 
 
487 aa  490  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  51.9 
 
 
491 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  51.72 
 
 
464 aa  484  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.19 
 
 
484 aa  483  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.24 
 
 
504 aa  481  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.1 
 
 
491 aa  481  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  47.81 
 
 
477 aa  419  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  42.61 
 
 
515 aa  388  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.35 
 
 
477 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.93 
 
 
465 aa  252  8.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.69 
 
 
482 aa  249  1e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.36 
 
 
470 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.5 
 
 
461 aa  242  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.69 
 
 
478 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
462 aa  236  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.14 
 
 
459 aa  236  9e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.27 
 
 
465 aa  235  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.34 
 
 
487 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.77 
 
 
455 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.67 
 
 
453 aa  233  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.77 
 
 
455 aa  233  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.58 
 
 
461 aa  233  8.000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.2 
 
 
455 aa  232  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.18 
 
 
480 aa  233  9e-60  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.2 
 
 
455 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.2 
 
 
455 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.09 
 
 
485 aa  231  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.18 
 
 
489 aa  228  2e-58  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.91 
 
 
483 aa  226  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.17 
 
 
468 aa  225  1e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.68 
 
 
495 aa  224  3e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.87 
 
 
451 aa  220  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.41 
 
 
476 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.77 
 
 
471 aa  220  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  39.17 
 
 
451 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.89 
 
 
475 aa  218  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.87 
 
 
451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.64 
 
 
451 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  38.64 
 
 
451 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.64 
 
 
451 aa  217  4e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  38.64 
 
 
451 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.58 
 
 
451 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.96 
 
 
451 aa  215  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.11 
 
 
480 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.69 
 
 
471 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.4 
 
 
482 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.33 
 
 
471 aa  211  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.19 
 
 
500 aa  187  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.45 
 
 
528 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.12 
 
 
482 aa  177  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.27 
 
 
498 aa  176  8e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.01 
 
 
481 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.1 
 
 
482 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.8 
 
 
481 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.8 
 
 
482 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.8 
 
 
482 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.66 
 
 
481 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.59 
 
 
482 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.59 
 
 
482 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.59 
 
 
481 aa  173  6.999999999999999e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.73 
 
 
473 aa  171  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.34 
 
 
481 aa  172  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.89 
 
 
486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 
430 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.57 
 
 
492 aa  159  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.05 
 
 
510 aa  156  7e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.57 
 
 
491 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.9 
 
 
479 aa  153  5.9999999999999996e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.02 
 
 
513 aa  152  1e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.37 
 
 
490 aa  152  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.75 
 
 
519 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.09 
 
 
494 aa  150  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 
490 aa  150  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1497  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 
690 aa  150  7e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.73 
 
 
474 aa  148  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.83 
 
 
510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 
524 aa  146  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  25.83 
 
 
518 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  25.52 
 
 
508 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 
521 aa  142  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0286  AMP-dependent synthetase and ligase  24.1 
 
 
511 aa  142  1.9999999999999998e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  25.42 
 
 
520 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4820  acyl-CoA synthetase  27.67 
 
 
533 aa  140  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755365  normal  0.560915 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3566  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 
489 aa  140  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.281044  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  24.14 
 
 
520 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
576 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2014  AMP-dependent synthetase and ligase  25.91 
 
 
542 aa  139  1e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.534696  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
576 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  27.44 
 
 
499 aa  139  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  26.18 
 
 
571 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
576 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
576 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  27.25 
 
 
576 aa  139  1e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>