More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1593 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  99.36 
 
 
471 aa  937    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  98.3 
 
 
471 aa  928    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  100 
 
 
471 aa  946    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  64.38 
 
 
461 aa  541  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  60.57 
 
 
461 aa  527  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.36 
 
 
487 aa  523  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.02 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  59.65 
 
 
462 aa  508  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.02 
 
 
455 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.02 
 
 
455 aa  498  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.24 
 
 
455 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.02 
 
 
455 aa  494  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  56.79 
 
 
455 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  53.96 
 
 
453 aa  479  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  55.65 
 
 
451 aa  462  1e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  55.21 
 
 
451 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  55.21 
 
 
451 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  55.21 
 
 
451 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  55.43 
 
 
451 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  55.21 
 
 
451 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.99 
 
 
451 aa  458  9.999999999999999e-129  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  55.21 
 
 
451 aa  458  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  54.77 
 
 
451 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  50.11 
 
 
468 aa  402  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.53 
 
 
465 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  44.35 
 
 
475 aa  347  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  45.4 
 
 
476 aa  346  5e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.23 
 
 
483 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.38 
 
 
487 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.38 
 
 
491 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.18 
 
 
491 aa  259  9e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.69 
 
 
459 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.31 
 
 
475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.09 
 
 
475 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.98 
 
 
472 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.31 
 
 
478 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  34.58 
 
 
464 aa  248  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.41 
 
 
470 aa  248  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.8 
 
 
504 aa  242  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.28 
 
 
465 aa  238  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.45 
 
 
484 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.05 
 
 
515 aa  233  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.03 
 
 
504 aa  230  5e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.34 
 
 
477 aa  227  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 
504 aa  224  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.03 
 
 
495 aa  221  3e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.62 
 
 
485 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.29 
 
 
478 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.33 
 
 
480 aa  209  6e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.71 
 
 
489 aa  209  7e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.56 
 
 
482 aa  200  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.9 
 
 
477 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.26 
 
 
480 aa  197  3e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.63 
 
 
482 aa  196  1e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.81 
 
 
473 aa  150  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.07 
 
 
479 aa  140  7e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.46 
 
 
481 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.84 
 
 
474 aa  136  7.000000000000001e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.87 
 
 
510 aa  136  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.74 
 
 
481 aa  136  9e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.53 
 
 
482 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.32 
 
 
481 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.32 
 
 
482 aa  134  5e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.32 
 
 
482 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.52 
 
 
500 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.11 
 
 
482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.11 
 
 
481 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.11 
 
 
482 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.31 
 
 
486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.27 
 
 
482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.52 
 
 
484 aa  130  5.0000000000000004e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
492 aa  130  6e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.42 
 
 
481 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.66 
 
 
491 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.73 
 
 
492 aa  126  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.58 
 
 
490 aa  125  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
499 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  27.18 
 
 
520 aa  124  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 
502 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  25.48 
 
 
451 aa  123  9e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1128  hypothetical protein  26.61 
 
 
485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  25.26 
 
 
514 aa  122  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.54 
 
 
492 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1133  hypothetical protein  26.6 
 
 
485 aa  121  3e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.54 
 
 
492 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.1 
 
 
513 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.29 
 
 
453 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 
506 aa  120  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.51 
 
 
491 aa  119  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 
430 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.38 
 
 
513 aa  117  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  28.06 
 
 
527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1585  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 
520 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459173  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 
525 aa  116  7.999999999999999e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
521 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  23.09 
 
 
514 aa  116  8.999999999999998e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 
504 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.22 
 
 
494 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>