More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0223 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  100 
 
 
504 aa  1037    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  59.49 
 
 
504 aa  593  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.86 
 
 
475 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.4 
 
 
478 aa  530  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.66 
 
 
470 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.6 
 
 
472 aa  526  1e-148  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.66 
 
 
475 aa  524  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  55.23 
 
 
491 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  55.23 
 
 
491 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  55.18 
 
 
487 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  52.62 
 
 
464 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  51.59 
 
 
484 aa  491  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.82 
 
 
504 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  47.91 
 
 
477 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.88 
 
 
515 aa  403  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.69 
 
 
477 aa  282  1e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.68 
 
 
465 aa  266  5e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.14 
 
 
461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.98 
 
 
459 aa  250  4e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.14 
 
 
478 aa  249  7e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.43 
 
 
470 aa  248  3e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.9 
 
 
465 aa  246  6e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.92 
 
 
495 aa  243  5e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.59 
 
 
482 aa  240  4e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.12 
 
 
468 aa  239  1e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.47 
 
 
485 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.51 
 
 
471 aa  236  6e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.69 
 
 
462 aa  236  7e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.09 
 
 
480 aa  236  8e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.1 
 
 
471 aa  233  7.000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.11 
 
 
455 aa  233  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.86 
 
 
487 aa  232  9e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.03 
 
 
455 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.03 
 
 
455 aa  232  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.89 
 
 
471 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.52 
 
 
489 aa  231  2e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.83 
 
 
455 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.26 
 
 
461 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.73 
 
 
483 aa  229  9e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.03 
 
 
455 aa  229  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.08 
 
 
482 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.11 
 
 
453 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  33.68 
 
 
475 aa  223  4.9999999999999996e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.76 
 
 
451 aa  219  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.46 
 
 
451 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  37.17 
 
 
451 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.17 
 
 
451 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  37.17 
 
 
451 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.21 
 
 
480 aa  216  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.17 
 
 
451 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.17 
 
 
451 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.51 
 
 
476 aa  213  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.58 
 
 
451 aa  211  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.58 
 
 
451 aa  210  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.78 
 
 
500 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35 
 
 
486 aa  188  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.75 
 
 
490 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.74 
 
 
498 aa  176  9e-43  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.73 
 
 
482 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.55 
 
 
481 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  36.68 
 
 
430 aa  171  3e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  171  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.59 
 
 
482 aa  171  3e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.13 
 
 
481 aa  171  3e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.84 
 
 
510 aa  171  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  170  6e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  170  6e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.38 
 
 
481 aa  170  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  33.24 
 
 
490 aa  170  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
482 aa  169  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.47 
 
 
479 aa  169  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.38 
 
 
481 aa  168  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.18 
 
 
481 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.5 
 
 
492 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.48 
 
 
528 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  28.49 
 
 
520 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.25 
 
 
491 aa  162  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3566  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 
489 aa  157  5.0000000000000005e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.281044  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1497  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 
690 aa  157  6e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  26.12 
 
 
518 aa  156  8e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.55 
 
 
494 aa  154  5e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.84 
 
 
513 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.84 
 
 
519 aa  151  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.84 
 
 
524 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  28.27 
 
 
521 aa  149  9e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 
559 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.92 
 
 
473 aa  149  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.17 
 
 
453 aa  147  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.32 
 
 
474 aa  147  6e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  26.42 
 
 
527 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  26.61 
 
 
520 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  26.24 
 
 
524 aa  144  5e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.46 
 
 
509 aa  144  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  27.06 
 
 
516 aa  143  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  25.96 
 
 
525 aa  143  8e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.24 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.24 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0671  AMP-dependent synthetase and ligase  27.98 
 
 
517 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.251823  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.76 
 
 
510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4810  AMP-dependent synthetase and ligase  27.34 
 
 
528 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672528  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>