More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3602 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  100 
 
 
504 aa  1032    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  54.07 
 
 
504 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.82 
 
 
504 aa  496  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.11 
 
 
491 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  52.44 
 
 
487 aa  464  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  50.73 
 
 
464 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  51.26 
 
 
475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  51.61 
 
 
491 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  50.63 
 
 
472 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  49.79 
 
 
470 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  50.21 
 
 
475 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  49.18 
 
 
478 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  46.91 
 
 
484 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  43.91 
 
 
515 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  47.79 
 
 
477 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  43.12 
 
 
477 aa  302  1e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  40.61 
 
 
465 aa  288  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  41.63 
 
 
482 aa  278  1e-73  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.87 
 
 
480 aa  266  5.999999999999999e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.77 
 
 
465 aa  257  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.04 
 
 
478 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.41 
 
 
495 aa  251  1e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.91 
 
 
489 aa  252  1e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.01 
 
 
470 aa  250  4e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.98 
 
 
475 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.22 
 
 
480 aa  246  6e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.38 
 
 
487 aa  244  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.04 
 
 
461 aa  244  3.9999999999999997e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.48 
 
 
455 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  38.83 
 
 
485 aa  242  9e-63  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.54 
 
 
455 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.54 
 
 
455 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  35.54 
 
 
455 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.19 
 
 
476 aa  238  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.08 
 
 
468 aa  238  2e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.29 
 
 
455 aa  237  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.02 
 
 
483 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.81 
 
 
482 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.23 
 
 
453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.25 
 
 
459 aa  234  4.0000000000000004e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.89 
 
 
471 aa  233  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.89 
 
 
471 aa  233  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.44 
 
 
471 aa  230  5e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  36.84 
 
 
461 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.25 
 
 
462 aa  229  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.36 
 
 
451 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.22 
 
 
451 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  40.06 
 
 
451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.06 
 
 
451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  39.02 
 
 
451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  40.06 
 
 
451 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.73 
 
 
451 aa  226  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.73 
 
 
451 aa  226  9e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  39.45 
 
 
451 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.45 
 
 
482 aa  181  2e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.56 
 
 
510 aa  181  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.39 
 
 
481 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 
430 aa  179  9e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.31 
 
 
482 aa  178  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.33 
 
 
492 aa  178  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.69 
 
 
500 aa  176  7e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.92 
 
 
490 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.41 
 
 
479 aa  176  9e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.77 
 
 
482 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.71 
 
 
481 aa  176  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 
490 aa  176  9.999999999999999e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.75 
 
 
474 aa  174  1.9999999999999998e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.77 
 
 
481 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.55 
 
 
482 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.55 
 
 
481 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.77 
 
 
482 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.4 
 
 
482 aa  173  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.11 
 
 
481 aa  172  9e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.18 
 
 
473 aa  169  1e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.84 
 
 
491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.34 
 
 
498 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.15 
 
 
486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.43 
 
 
528 aa  163  8.000000000000001e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.49 
 
 
513 aa  158  2e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.13 
 
 
518 aa  156  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.49 
 
 
510 aa  156  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  27.66 
 
 
538 aa  155  2e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  28.14 
 
 
538 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3408  malonyl-CoA synthase  28.63 
 
 
504 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  26.65 
 
 
520 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  28.48 
 
 
507 aa  150  4e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.17 
 
 
492 aa  150  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.17 
 
 
492 aa  150  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  28.14 
 
 
540 aa  150  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4891  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 
520 aa  149  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.862065  normal  0.74496 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.04 
 
 
494 aa  149  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  29.21 
 
 
510 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.21 
 
 
451 aa  148  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.93 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 
502 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12527  AMP-binding domain protein  27.66 
 
 
547 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0503764 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2371  acyl-CoA synthetase  28.34 
 
 
532 aa  146  7.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1497  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 
690 aa  146  8.000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  27.73 
 
 
540 aa  146  9e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.99 
 
 
453 aa  146  9e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>