More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004028 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01433  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  69.85 
 
 
483 aa  689    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004028  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  100 
 
 
475 aa  974    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1557  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  57.36 
 
 
476 aa  520  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1103  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  43.4 
 
 
465 aa  338  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1781  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  43.7 
 
 
471 aa  336  5.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.353242 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1486  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  43.91 
 
 
471 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1115  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.63 
 
 
487 aa  333  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3010  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  42.46 
 
 
462 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1593  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  43.7 
 
 
471 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1049  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  42.8 
 
 
461 aa  330  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0676934  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3199  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.85 
 
 
470 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2533  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  40.13 
 
 
455 aa  324  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  40 
 
 
455 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285038  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2441  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  40 
 
 
455 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3279  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  42.4 
 
 
461 aa  317  2e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2649  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  39.35 
 
 
455 aa  316  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.479728  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  39.65 
 
 
453 aa  315  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2545  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  40.74 
 
 
455 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.74544  normal  0.782551 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2415  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.13 
 
 
451 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.246068  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2406  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.69 
 
 
451 aa  302  8.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572521  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1388  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.69 
 
 
451 aa  301  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3402  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  37.47 
 
 
451 aa  301  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.671399  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2556  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.23 
 
 
451 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.913886  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2639  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  38.23 
 
 
451 aa  300  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0253508  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02187  O-succinylbenzoic acid-CoA ligase  37.88 
 
 
451 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1397  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.88 
 
 
451 aa  299  6e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02146  hypothetical protein  37.88 
 
 
451 aa  299  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1207  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  41.79 
 
 
468 aa  292  8e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.87 
 
 
475 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.58 
 
 
491 aa  242  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.58 
 
 
491 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.53 
 
 
470 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.89 
 
 
487 aa  239  8e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.87 
 
 
478 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.24 
 
 
475 aa  237  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3602  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.54 
 
 
504 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0139548  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0588  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.91 
 
 
478 aa  231  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.791941  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0307  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.05 
 
 
472 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2891  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.81 
 
 
477 aa  226  6e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.288894  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0189  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.92 
 
 
465 aa  226  6e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.582963  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3974  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.4 
 
 
484 aa  224  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4576  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase, putative  33.69 
 
 
464 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0223  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.68 
 
 
504 aa  223  4e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.8 
 
 
477 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.89 
 
 
504 aa  218  2e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0326  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.19 
 
 
495 aa  211  2e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.013654 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1131  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.69 
 
 
459 aa  209  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0872798  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2435  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.79 
 
 
480 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.900317  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2093  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.58 
 
 
485 aa  199  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1672  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.99 
 
 
489 aa  199  7e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.77 
 
 
482 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.41 
 
 
515 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2052  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.48 
 
 
482 aa  186  6e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1882  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.17 
 
 
480 aa  170  4e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.6 
 
 
474 aa  147  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.93 
 
 
482 aa  144  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.26 
 
 
481 aa  143  9e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4993  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.05 
 
 
481 aa  141  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.98 
 
 
491 aa  141  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.04 
 
 
492 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1392  AMP-dependent synthetase and ligase  33.23 
 
 
448 aa  140  4.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.786578  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  24.89 
 
 
482 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.26 
 
 
481 aa  138  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.36 
 
 
482 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.36 
 
 
482 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.86 
 
 
486 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.31 
 
 
482 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.16 
 
 
481 aa  137  4e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.61 
 
 
490 aa  136  8e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4607  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  25.21 
 
 
482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 
490 aa  133  7.999999999999999e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.35 
 
 
491 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.54 
 
 
481 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.59 
 
 
473 aa  129  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.95 
 
 
498 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.38 
 
 
492 aa  127  6e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.38 
 
 
492 aa  127  6e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.8 
 
 
494 aa  126  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.22 
 
 
513 aa  124  4e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 
382 aa  124  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.56 
 
 
528 aa  123  9e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04130  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.77 
 
 
501 aa  122  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.832077  normal  0.723137 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 
508 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.8 
 
 
484 aa  120  6e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2636  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.88 
 
 
463 aa  119  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.737592  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 
385 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0057  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
487 aa  119  1.9999999999999998e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.11 
 
 
510 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.84 
 
 
479 aa  118  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  24.69 
 
 
518 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  25.98 
 
 
508 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  25.31 
 
 
500 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1052  AMP-dependent synthetase and ligase  29.83 
 
 
372 aa  116  1.0000000000000001e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  24.49 
 
 
508 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  31.19 
 
 
430 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0704  AMP-dependent synthetase and ligase  31.58 
 
 
381 aa  113  7.000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  25.83 
 
 
517 aa  113  7.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0770  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  25.92 
 
 
451 aa  113  8.000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3078  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 
396 aa  113  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3436  AMP-binding protein  26.01 
 
 
499 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>