More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1378 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1378  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 		 189 aa  387  1e-107  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  74.73 
 
 		 191 aa  285  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1618  peptidyl-tRNA hydrolase  71.66 
 
 		 189 aa  283  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.786004 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0947  peptidyl-tRNA hydrolase  62.23 
 
 		 235 aa  240  9e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2483  peptidyl-tRNA hydrolase  60.96 
 
 		 225 aa  235  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.697792  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0824  peptidyl-tRNA hydrolase  60.43 
 
 		 225 aa  234  4e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.705778  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0352  peptidyl-tRNA hydrolase  59.89 
 
 		 225 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2256  aminoacyl-tRNA hydrolase  59.04 
 
 		 205 aa  220  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2158  peptidyl-tRNA hydrolase  56.91 
 
 		 239 aa  219  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2474  peptidyl-tRNA hydrolase  57.45 
 
 		 210 aa  218  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2697  peptidyl-tRNA hydrolase  57.45 
 
 		 210 aa  218  5e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1264  peptidyl-tRNA hydrolase  64.09 
 
 		 235 aa  217  7e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2402  peptidyl-tRNA hydrolase  56.91 
 
 		 210 aa  216  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.919622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4125  peptidyl-tRNA hydrolase  55.85 
 
 		 202 aa  212  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3592  peptidyl-tRNA hydrolase  59.57 
 
 		 239 aa  212  2.9999999999999995e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1768  peptidyl-tRNA hydrolase  54.01 
 
 		 201 aa  211  7e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0214  peptidyl-tRNA hydrolase  59.04 
 
 		 248 aa  209  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3102  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 		 204 aa  209  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2393  peptidyl-tRNA hydrolase  57.22 
 
 		 203 aa  206  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.676163  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4000  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 		 207 aa  205  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4160  peptidyl-tRNA hydrolase  51.34 
 
 		 207 aa  204  9e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.199794 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1086  peptidyl-tRNA hydrolase  55.91 
 
 		 192 aa  202  3e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1416  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 		 201 aa  202  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.827174  normal  0.882647 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2511  peptidyl-tRNA hydrolase  48.66 
 
 		 202 aa  200  9.999999999999999e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2818  peptidyl-tRNA hydrolase  55.61 
 
 		 203 aa  200  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0122203  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1675  peptidyl-tRNA hydrolase  53.68 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.224876  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4839  peptidyl-tRNA hydrolase  49.73 
 
 		 206 aa  197  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881086  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3581  peptidyl-tRNA hydrolase  52.46 
 
 		 198 aa  194  7e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1632  peptidyl-tRNA hydrolase  51.37 
 
 		 196 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00924241 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3747  peptidyl-tRNA hydrolase  57.61 
 
 		 243 aa  193  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1000  peptidyl-tRNA hydrolase  48.13 
 
 		 193 aa  192  2e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.853012  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1536  peptidyl-tRNA hydrolase  52.06 
 
 		 250 aa  185  4e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0717803  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0666  peptidyl-tRNA hydrolase  53.65 
 
 		 208 aa  185  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1485  peptidyl-tRNA hydrolase  52.06 
 
 		 250 aa  185  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2606  peptidyl-tRNA hydrolase  49.73 
 
 		 202 aa  184  5e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.642317 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2768  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 		 243 aa  184  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1630  peptidyl-tRNA hydrolase  52.82 
 
 		 251 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.144518  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3032  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 		 243 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3190  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 		 234 aa  178  4e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29139  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0756  peptidyl-tRNA hydrolase  51.91 
 
 		 220 aa  173  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.348899 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2264  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.38143 
 
 
-
 
NC_002978  WD0175  peptidyl-tRNA hydrolase  36.96 
 
 		 182 aa  140  9.999999999999999e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.967698  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  41.4 
 
 		 193 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  41.3 
 
 		 193 aa  138  6e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0048  peptidyl-tRNA hydrolase  41.76 
 
 		 186 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1474  peptidyl-tRNA hydrolase  49.07 
 
 		 188 aa  136  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0138891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2766  peptidyl-tRNA hydrolase  49.07 
 
 		 188 aa  136  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.720663  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4788  peptidyl-tRNA hydrolase  44.57 
 
 		 192 aa  134  8e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.140463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0091  peptidyl-tRNA hydrolase  35.52 
 
 		 193 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  41.01 
 
 		 185 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000476771  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  50.65 
 
 		 192 aa  132  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  43.65 
 
 		 213 aa  132  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  41.8 
 
 		 232 aa  132  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.65 
 
 		 186 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  38.64 
 
 		 207 aa  131  5e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0123  peptidyl-tRNA hydrolase  46.24 
 
 		 192 aa  131  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.391018  normal  0.213165 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0050  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 186 aa  131  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 186 aa  131  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0050  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 186 aa  131  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  41.01 
 
 		 210 aa  131  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2107  peptidyl-tRNA hydrolase  42.93 
 
 		 207 aa  131  6e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0023185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  48.32 
 
 		 207 aa  131  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1502  peptidyl-tRNA hydrolase  35.26 
 
 		 365 aa  130  7.999999999999999e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 186 aa  130  9e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0105  peptidyl-tRNA hydrolase  37.97 
 
 		 186 aa  130  9e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0057  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0049  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 210 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0056  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  50.67 
 
 		 194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  45.34 
 
 		 213 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0060  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 207 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0770  peptidyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  41.4 
 
 		 192 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0097  peptidyl-tRNA hydrolase  40.56 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000012965  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  46.62 
 
 		 230 aa  129  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2808  peptidyl-tRNA hydrolase  34.43 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2494  peptidyl-tRNA hydrolase  34.43 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  41.56 
 
 		 186 aa  129  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  47.3 
 
 		 204 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  39.47 
 
 		 194 aa  128  6e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5260  peptidyl-tRNA hydrolase  39.35 
 
 		 207 aa  128  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  46.54 
 
 		 192 aa  128  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1510  Aminoacyl-tRNA hydrolase  40.62 
 
 		 193 aa  127  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  43.71 
 
 		 225 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  45.95 
 
 		 216 aa  127  9.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3680  peptidyl-tRNA hydrolase  44.51 
 
 		 191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00255338  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0126  peptidyl-tRNA hydrolase  45.28 
 
 		 192 aa  125  3e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0137  peptidyl-tRNA hydrolase  45.28 
 
 		 192 aa  125  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  45.27 
 
 		 211 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  45.27 
 
 		 211 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  45.33 
 
 		 213 aa  124  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  41.28 
 
 		 192 aa  124  7e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4633  peptidyl-tRNA hydrolase  45.62 
 
 		 192 aa  124  9e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.557373 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4340  peptidyl-tRNA hydrolase  45.62 
 
 		 192 aa  124  9e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480593  normal  0.292105 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4254  peptidyl-tRNA hydrolase  45.62 
 
 		 192 aa  124  9e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0209  peptidyl-tRNA hydrolase  38.12 
 
 		 196 aa  123  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0010  peptidyl-tRNA hydrolase  35.87 
 
 		 188 aa  123  1e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0529  Aminoacyl-tRNA hydrolase  44.68 
 
 		 193 aa  123  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0140  peptidyl-tRNA hydrolase  38.71 
 
 		 190 aa  123  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.290971  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0417  peptidyl-tRNA hydrolase  43.87 
 
 		 213 aa  122  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>