More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3190 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3190  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 		 234 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2768  peptidyl-tRNA hydrolase  76.86 
 
 		 243 aa  343  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3032  peptidyl-tRNA hydrolase  74.38 
 
 		 243 aa  329  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2264  peptidyl-tRNA hydrolase  70.89 
 
 		 248 aa  324  7e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.38143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2158  peptidyl-tRNA hydrolase  63.18 
 
 		 239 aa  316  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1536  peptidyl-tRNA hydrolase  62.65 
 
 		 250 aa  286  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0717803  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1485  peptidyl-tRNA hydrolase  62.65 
 
 		 250 aa  286  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1630  peptidyl-tRNA hydrolase  62 
 
 		 251 aa  280  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.144518  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1000  peptidyl-tRNA hydrolase  58.95 
 
 		 193 aa  248  6e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.853012  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2256  aminoacyl-tRNA hydrolase  58.29 
 
 		 205 aa  229  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0947  peptidyl-tRNA hydrolase  48.09 
 
 		 235 aa  227  9e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0352  peptidyl-tRNA hydrolase  53.5 
 
 		 225 aa  224  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.320411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2483  peptidyl-tRNA hydrolase  55.68 
 
 		 225 aa  221  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.697792  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0824  peptidyl-tRNA hydrolase  55.14 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.705778  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3102  peptidyl-tRNA hydrolase  51.79 
 
 		 204 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2511  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 		 202 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.317979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4839  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 206 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881086  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2697  peptidyl-tRNA hydrolase  49.76 
 
 		 210 aa  218  6e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2474  peptidyl-tRNA hydrolase  49.76 
 
 		 210 aa  218  6e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.2409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4160  peptidyl-tRNA hydrolase  48.78 
 
 		 207 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.199794 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1632  peptidyl-tRNA hydrolase  55.74 
 
 		 196 aa  216  2e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00924241 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2402  peptidyl-tRNA hydrolase  49.52 
 
 		 210 aa  216  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.919622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1768  peptidyl-tRNA hydrolase  53.16 
 
 		 201 aa  215  4e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4125  peptidyl-tRNA hydrolase  50.99 
 
 		 202 aa  215  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1416  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 		 201 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.827174  normal  0.882647 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0214  peptidyl-tRNA hydrolase  58.92 
 
 		 248 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4000  peptidyl-tRNA hydrolase  51.61 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2818  peptidyl-tRNA hydrolase  56.45 
 
 		 203 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0122203  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2393  peptidyl-tRNA hydrolase  53.76 
 
 		 203 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.676163  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1264  peptidyl-tRNA hydrolase  51.14 
 
 		 235 aa  209  3e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2606  peptidyl-tRNA hydrolase  52.43 
 
 		 202 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.642317 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3747  peptidyl-tRNA hydrolase  51.53 
 
 		 243 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3592  peptidyl-tRNA hydrolase  49.33 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1086  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 		 192 aa  204  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  53.44 
 
 		 191 aa  203  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3581  peptidyl-tRNA hydrolase  48.68 
 
 		 198 aa  202  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1675  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 		 192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.224876  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1378  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 		 189 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0495277 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1618  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 		 189 aa  185  6e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.786004 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0666  peptidyl-tRNA hydrolase  44 
 
 		 208 aa  171  1e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0756  peptidyl-tRNA hydrolase  48.09 
 
 		 220 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.348899 
 
 
-
 
NC_002978  WD0175  peptidyl-tRNA hydrolase  39.67 
 
 		 182 aa  149  3e-35  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.967698  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0048  peptidyl-tRNA hydrolase  41.18 
 
 		 186 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 207 aa  146  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2494  peptidyl-tRNA hydrolase  39.13 
 
 		 188 aa  146  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  39.67 
 
 		 186 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5260  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 207 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2808  peptidyl-tRNA hydrolase  39.13 
 
 		 188 aa  145  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  43.75 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0049  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0097  peptidyl-tRNA hydrolase  44.02 
 
 		 190 aa  144  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000012965  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.76 
 
 		 186 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0050  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 186 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 186 aa  143  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1502  peptidyl-tRNA hydrolase  39.04 
 
 		 365 aa  144  2e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0046  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 186 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0056  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 207 aa  143  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0057  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 207 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  42.02 
 
 		 192 aa  143  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0050  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 186 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2819  aminoacyl-tRNA hydrolase  41.21 
 
 		 193 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112866  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0060  peptidyl-tRNA hydrolase  40.22 
 
 		 207 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1510  Aminoacyl-tRNA hydrolase  39.77 
 
 		 193 aa  142  4e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  48.63 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0180  peptidyl-tRNA hydrolase  41.85 
 
 		 191 aa  142  5e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  43.48 
 
 		 194 aa  142  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  47.62 
 
 		 216 aa  141  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3516  Aminoacyl-tRNA hydrolase  42 
 
 		 213 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0382669  normal  0.238994 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  46.94 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0007  peptidyl-tRNA hydrolase  41.57 
 
 		 191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0591  peptidyl-tRNA hydrolase  41.62 
 
 		 184 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00307137  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0109  aminoacyl-tRNA hydrolase  41.62 
 
 		 206 aa  139  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000213906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  44.9 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  46.26 
 
 		 211 aa  139  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  46.26 
 
 		 211 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  45.58 
 
 		 230 aa  138  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0091  peptidyl-tRNA hydrolase  37.57 
 
 		 193 aa  138  8.999999999999999e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4448  peptidyl-tRNA hydrolase  39.89 
 
 		 213 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.727457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3951  peptidyl-tRNA hydrolase  42.69 
 
 		 197 aa  137  1e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.72777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  40.44 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  44.57 
 
 		 192 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  42.93 
 
 		 192 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21210  Aminoacyl-tRNA hydrolase  40 
 
 		 187 aa  136  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000292391  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0006  peptidyl-tRNA hydrolase  47.4 
 
 		 189 aa  136  2e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1663  peptidyl-tRNA hydrolase  39.68 
 
 		 181 aa  137  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  44.24 
 
 		 185 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000476771  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  48 
 
 		 194 aa  136  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0137  peptidyl-tRNA hydrolase  44.57 
 
 		 192 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0111  aminoacyl-tRNA hydrolase  39.56 
 
 		 191 aa  136  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.212396  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_7303  predicted protein  42.86 
 
 		 189 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00433512  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0126  peptidyl-tRNA hydrolase  44.57 
 
 		 192 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0171  peptidyl-tRNA hydrolase  42.61 
 
 		 198 aa  135  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2504  peptidyl-tRNA hydrolase  38.04 
 
 		 188 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00873234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0123  peptidyl-tRNA hydrolase  45.16 
 
 		 192 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.391018  normal  0.213165 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0270  peptidyl-tRNA hydrolase  39.13 
 
 		 185 aa  135  8e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8605  Aminoacyl-tRNA hydrolase  42.69 
 
 		 201 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  41.85 
 
 		 192 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1364  peptidyl-tRNA hydrolase  39.78 
 
 		 179 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  46.26 
 
 		 213 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2079  peptidyl-tRNA hydrolase  41.48 
 
 		 206 aa  133  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>