More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0888 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0888  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
282 aa  574  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.797798 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4541  alpha/beta hydrolase fold protein  34.33 
 
 
288 aa  142  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.707016  normal  0.231702 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2323  putative 2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase (MhpC)  32.33 
 
 
289 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0274  Alpha/beta hydrolase fold  32.58 
 
 
289 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.642233  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  32.21 
 
 
288 aa  135  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0911  Alpha/beta hydrolase fold  31.09 
 
 
289 aa  135  9e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0219257  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1361  Alpha/beta hydrolase fold  30.08 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  hitchhiker  0.00000857461 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3786  Alpha/beta hydrolase fold  31.43 
 
 
274 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00563208  hitchhiker  0.00293132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1981  alpha/beta hydrolase fold  30.08 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42230  2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  34.27 
 
 
271 aa  129  4.0000000000000003e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00303  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.94 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00307  hypothetical protein  30.94 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0413  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.94 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0373  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.94 
 
 
293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.170384  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3276  alpha/beta hydrolase fold  30.94 
 
 
288 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.15708  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0380  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.94 
 
 
288 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.615144  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0424  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  30.94 
 
 
288 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4414  alpha/beta hydrolase fold  29.93 
 
 
277 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2456  alpha/beta hydrolase fold  32.63 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0153839  normal  0.505758 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3257  alpha/beta hydrolase fold protein  31.05 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4501  alpha/beta hydrolase fold protein  31.49 
 
 
285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.569639  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1513  Alpha/beta hydrolase fold  32.83 
 
 
293 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1183  Alpha/beta hydrolase  30 
 
 
279 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.330922  normal  0.0773535 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1331  Alpha/beta hydrolase fold  30.25 
 
 
278 aa  123  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000258733 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3522  alpha/beta hydrolase fold protein  32.29 
 
 
289 aa  123  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.328717  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1827  alpha/beta hydrolase fold  32.22 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0323  alpha/beta hydrolase fold  31.6 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.619665  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0333  alpha/beta hydrolase fold  31.6 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.240836 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0312  alpha/beta hydrolase fold  31.25 
 
 
285 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4525  alpha/beta hydrolase fold  30.53 
 
 
290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.212373  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2898  alpha/beta hydrolase fold  32.53 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.14294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4183  alpha/beta hydrolase fold  28.73 
 
 
279 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.221808 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3110  alpha/beta hydrolase fold protein  29.18 
 
 
304 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.228638  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3858  alpha/beta hydrolase fold  30.5 
 
 
283 aa  119  6e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4141  alpha/beta hydrolase fold  31.44 
 
 
286 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0556153  normal  0.121245 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4621  alpha/beta hydrolase fold  28.77 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1186  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4- dienoate hydrolase (BphD)  30.83 
 
 
286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.644621  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3545  alpha/beta hydrolase fold protein  28.77 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158387  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1463  Alpha/beta hydrolase  29.81 
 
 
278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.234917  normal  0.480235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0531  alpha/beta hydrolase fold protein  28.62 
 
 
273 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0221  alpha/beta hydrolase fold  28.62 
 
 
286 aa  115  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0935  alpha/beta hydrolase fold  30.26 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423109  normal  0.641404 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2786  alpha/beta hydrolase fold  28.22 
 
 
283 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.200125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2882  alpha/beta hydrolase fold  27.3 
 
 
276 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.035123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2274  2-hydroxymuconic semialdehyde hydrolase  28.12 
 
 
291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2141  alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  29.35 
 
 
277 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3250  Alpha/beta hydrolase fold  28.67 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000180136  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2956  Alpha/beta hydrolase  28.42 
 
 
275 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419373  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4111  alpha/beta hydrolase fold protein  25.54 
 
 
288 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0346007  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0433  alpha/beta hydrolase fold protein  30.03 
 
 
282 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4708  alpha/beta hydrolase fold  26.24 
 
 
299 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5093  alpha/beta hydrolase fold  26.24 
 
 
299 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.284245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4794  alpha/beta hydrolase fold  26.24 
 
 
299 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1464  alpha/beta hydrolase fold  25.66 
 
 
294 aa  103  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5690  Alpha/beta hydrolase fold  29.6 
 
 
283 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1306  alpha/beta hydrolase fold  29.78 
 
 
276 aa  102  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.258208  normal  0.0573899 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4719  alpha/beta hydrolase fold protein  29.59 
 
 
282 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3844  alpha/beta hydrolase fold protein  29.47 
 
 
289 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3344  alpha/beta hydrolase fold  27.11 
 
 
289 aa  100  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5307  alpha/beta hydrolase fold  25.94 
 
 
295 aa  101  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.224347 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22090  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  30.25 
 
 
285 aa  100  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00622193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0208  alpha/beta hydrolase fold  29.92 
 
 
291 aa  99.4  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3515  alpha/beta hydrolase fold protein  27.66 
 
 
293 aa  98.2  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0068  alpha/beta hydrolase fold  27.86 
 
 
297 aa  97.1  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3228  alpha/beta hydrolase fold  28.26 
 
 
281 aa  95.1  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2147  alpha/beta hydrolase fold  27.14 
 
 
278 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13602  2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase bphD  24.81 
 
 
291 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.552922 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0033  alpha/beta hydrolase fold  32.28 
 
 
290 aa  94.7  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2775  alpha/beta hydrolase fold  29.1 
 
 
302 aa  94.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.562879  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2894  alpha/beta hydrolase fold  27.74 
 
 
287 aa  91.3  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3338  alpha/beta hydrolase fold  27.27 
 
 
271 aa  92  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0955603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2670  alpha/beta hydrolase fold  25.78 
 
 
298 aa  90.5  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00899476  normal  0.0694304 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0592  alpha/beta hydrolase fold  27.59 
 
 
288 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1464  alpha/beta hydrolase fold protein  24.65 
 
 
279 aa  89.7  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2878  alpha/beta hydrolase fold  27.14 
 
 
283 aa  89.4  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3055  alpha/beta hydrolase fold  26.41 
 
 
277 aa  89  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0115287 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3291  alpha/beta hydrolase fold protein  31.06 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1412  alpha/beta fold family hydrolase  28.43 
 
 
295 aa  83.2  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.405065 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0672  alpha/beta hydrolase fold  26.86 
 
 
315 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3605  alpha/beta hydrolase fold  27.02 
 
 
284 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.753861  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0210  alpha/beta hydrolase fold  26.52 
 
 
279 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3143  alpha/beta hydrolase fold  30.04 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.03403  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3689  alpha/beta hydrolase fold protein  24.82 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  26.37 
 
 
275 aa  78.2  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2732  alpha/beta hydrolase fold  26.84 
 
 
271 aa  78.2  0.0000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  27.65 
 
 
265 aa  77.4  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  29.54 
 
 
276 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4895  alpha/beta hydrolase fold  26.22 
 
 
282 aa  77  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0335992  normal  0.294667 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1095  alpha/beta hydrolase fold  28.52 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1811  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  25.19 
 
 
263 aa  75.9  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00537081  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1491  alpha/beta hydrolase fold  26.85 
 
 
297 aa  75.9  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00412587  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2120  alpha/beta hydrolase fold protein  26.12 
 
 
284 aa  75.5  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.466438 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3884  alpha/beta hydrolase fold  24.73 
 
 
286 aa  75.1  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.330831  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1553  alpha/beta hydrolase fold protein  25.98 
 
 
286 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230075  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0986  alpha/beta hydrolase fold protein  27.44 
 
 
279 aa  73.9  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.900551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  28.62 
 
 
299 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4082  alpha/beta hydrolase fold  26.84 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4013  alpha/beta hydrolase fold protein  29.3 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  25.55 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0161559  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>