135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2023 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
115 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  68.42 
 
 
115 aa  168  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  68.42 
 
 
118 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  68.42 
 
 
118 aa  165  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  67.54 
 
 
118 aa  163  8e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  63.16 
 
 
118 aa  155  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  64.04 
 
 
117 aa  154  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.16 
 
 
117 aa  154  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.16 
 
 
117 aa  152  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.16 
 
 
117 aa  152  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  65.18 
 
 
115 aa  152  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  56.36 
 
 
114 aa  134  4e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  52.68 
 
 
113 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  56.64 
 
 
121 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.1 
 
 
114 aa  122  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  61 
 
 
116 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.89 
 
 
113 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  51.79 
 
 
113 aa  117  4.9999999999999996e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50 
 
 
113 aa  111  4.0000000000000004e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.43 
 
 
113 aa  105  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.14 
 
 
114 aa  100  8e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.81 
 
 
115 aa  94.4  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.24 
 
 
114 aa  90.5  7e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.24 
 
 
114 aa  89.7  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.34 
 
 
114 aa  87.4  6e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  38.39 
 
 
145 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  40.71 
 
 
121 aa  81.3  0.000000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
114 aa  79  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
112 aa  68.6  0.00000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.78 
 
 
114 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.61 
 
 
107 aa  66.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.58 
 
 
135 aa  64.7  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.04 
 
 
117 aa  63.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.63 
 
 
115 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  40.79 
 
 
114 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.79 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  40.79 
 
 
114 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
128 aa  58.9  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.83 
 
 
136 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
117 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
116 aa  55.5  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.07 
 
 
138 aa  55.1  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.09 
 
 
117 aa  54.3  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
119 aa  53.5  0.0000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.82 
 
 
113 aa  53.5  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  31.73 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
113 aa  52  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.68 
 
 
112 aa  52  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
113 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
119 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
110 aa  51.6  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.33 
 
 
127 aa  50.4  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  29.57 
 
 
138 aa  50.1  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.79 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.17 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  27.93 
 
 
115 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.61 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.09 
 
 
123 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.57 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
117 aa  49.3  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.57 
 
 
110 aa  48.1  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0412  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.07 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.65842  normal  0.014846 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
114 aa  47.8  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.89 
 
 
109 aa  47.8  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.7 
 
 
117 aa  47.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  26.79 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
124 aa  47.8  0.00006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.67 
 
 
139 aa  47.4  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
114 aa  47  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  23.28 
 
 
121 aa  46.6  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.83 
 
 
114 aa  46.6  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  23.21 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.32 
 
 
113 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.32 
 
 
113 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.32 
 
 
113 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.32 
 
 
113 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.32 
 
 
113 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>