205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1212 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
119 aa  246  9e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  99.16 
 
 
119 aa  245  2e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  90.76 
 
 
119 aa  227  4e-59  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.02 
 
 
113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  42.11 
 
 
136 aa  90.9  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.61 
 
 
112 aa  87.4  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.19 
 
 
117 aa  87  7e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.07 
 
 
109 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.82 
 
 
112 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  34.48 
 
 
112 aa  82.4  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
109 aa  82.4  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
110 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.34 
 
 
114 aa  80.9  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
123 aa  80.5  0.000000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.9 
 
 
117 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.33 
 
 
121 aa  79.3  0.00000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  35.4 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.44 
 
 
116 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
135 aa  79.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
114 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
110 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
114 aa  78.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.33 
 
 
125 aa  78.2  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
117 aa  77  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
112 aa  76.6  0.0000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
112 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
109 aa  76.3  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
112 aa  75.9  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.93 
 
 
117 aa  75.5  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.84 
 
 
113 aa  73.6  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.58 
 
 
125 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.82 
 
 
115 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
110 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
128 aa  71.6  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
121 aa  71.6  0.000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
124 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
110 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
120 aa  70.5  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
111 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  34.82 
 
 
117 aa  70.5  0.000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
130 aa  70.5  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
109 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.91 
 
 
117 aa  70.1  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.07 
 
 
136 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0679  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.11 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.2 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.32 
 
 
113 aa  67  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
114 aa  66.2  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.62 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1303  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.6 
 
 
126 aa  66.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.263812  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
117 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.25 
 
 
121 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.82 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
115 aa  63.9  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1373  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.6 
 
 
126 aa  62.8  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.673816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
115 aa  62.4  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.79 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.63 
 
 
110 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  28.21 
 
 
116 aa  61.6  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  29.31 
 
 
120 aa  61.6  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
121 aa  62  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
115 aa  61.6  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  30.97 
 
 
145 aa  61.2  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>