162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1308 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  100 
 
 
138 aa  281  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  53.54 
 
 
139 aa  146  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  53.85 
 
 
117 aa  142  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  55.26 
 
 
114 aa  140  6e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  47.86 
 
 
117 aa  123  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  47.41 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.46 
 
 
135 aa  80.9  0.000000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.17 
 
 
121 aa  80.9  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.21 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.61 
 
 
123 aa  70.1  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.9 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
117 aa  67  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.32 
 
 
123 aa  67  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.75 
 
 
110 aa  67  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.29 
 
 
138 aa  66.6  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.26 
 
 
120 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
117 aa  65.9  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.83 
 
 
116 aa  64.7  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
110 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.77 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.29 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  34.19 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.97 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
128 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.61 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.36 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.94 
 
 
114 aa  59.7  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.04 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  34.35 
 
 
133 aa  59.3  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
111 aa  59.3  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.17 
 
 
136 aa  57.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.9 
 
 
125 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
113 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
115 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  28.21 
 
 
118 aa  55.5  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.48 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.2 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
115 aa  55.1  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  29.57 
 
 
121 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  32.29 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.5 
 
 
119 aa  55.5  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
124 aa  54.7  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
119 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.3 
 
 
138 aa  54.7  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.91 
 
 
113 aa  55.1  0.0000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
113 aa  54.7  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  29.57 
 
 
132 aa  54.3  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.05 
 
 
125 aa  54.7  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.77 
 
 
115 aa  53.9  0.0000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.9 
 
 
117 aa  53.9  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  31.25 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
119 aa  53.9  0.0000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.5 
 
 
115 aa  53.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.48 
 
 
113 aa  52  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.81 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  29.82 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.81 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
114 aa  51.6  0.000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  30 
 
 
138 aa  51.6  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 
112 aa  51.6  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
113 aa  52  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.12 
 
 
117 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.19 
 
 
114 aa  51.2  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.29 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.5 
 
 
117 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.35 
 
 
123 aa  50.8  0.000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.17 
 
 
114 aa  50.8  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.35 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.35 
 
 
118 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.42 
 
 
113 aa  50.4  0.000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  31.9 
 
 
110 aa  50.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.35 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.89 
 
 
114 aa  50.4  0.000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.35 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.35 
 
 
118 aa  50.1  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0679  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.32 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
110 aa  49.7  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5246  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.17 
 
 
122 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.911975 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.57 
 
 
115 aa  50.1  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.12 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.64 
 
 
117 aa  49.3  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.93 
 
 
115 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.25 
 
 
112 aa  49.3  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2334  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.08 
 
 
140 aa  48.9  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.06 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.63 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
117 aa  48.5  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.5 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
139 aa  48.1  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.5 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>