195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_1273 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
121 aa  235  1e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.14 
 
 
130 aa  123  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  52.17 
 
 
115 aa  121  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  55.34 
 
 
138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  48.21 
 
 
145 aa  104  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  45.38 
 
 
121 aa  99.8  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.35 
 
 
115 aa  92.8  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  46.02 
 
 
117 aa  92  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
114 aa  90.9  5e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.47 
 
 
114 aa  90.1  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.32 
 
 
118 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
117 aa  89.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.33 
 
 
118 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  37.29 
 
 
118 aa  88.2  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
117 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.29 
 
 
118 aa  87.4  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
117 aa  87.4  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
117 aa  87.4  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
115 aa  85.9  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
113 aa  84  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.54 
 
 
113 aa  82  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
113 aa  80.5  0.000000000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.34 
 
 
116 aa  80.1  0.000000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  38.39 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.61 
 
 
112 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
120 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.98 
 
 
107 aa  76.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.11 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.36 
 
 
115 aa  75.5  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.21 
 
 
128 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.17 
 
 
115 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
119 aa  72.4  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.97 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
119 aa  71.2  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
119 aa  70.9  0.000000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.47 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
123 aa  70.1  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  33.93 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.97 
 
 
125 aa  68.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.52 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  38.39 
 
 
110 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
110 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1078  putative hydrogenase nickel incorporation protein  30.61 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0654843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.67 
 
 
136 aa  66.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.96 
 
 
124 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.36 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.04 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.04 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
121 aa  65.5  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.04 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.36 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.04 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.04 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.36 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.56 
 
 
114 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.36 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.36 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.36 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.36 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
114 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.63 
 
 
114 aa  64.3  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.63 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.91 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.79 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.06 
 
 
121 aa  63.5  0.0000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34 
 
 
116 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.78 
 
 
112 aa  63.5  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
117 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
109 aa  62.8  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
117 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
139 aa  62.4  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.41 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.09 
 
 
113 aa  61.6  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  62  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
110 aa  61.6  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
110 aa  61.2  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.25 
 
 
114 aa  60.8  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
112 aa  60.8  0.000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.03 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>