193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1898 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
115 aa  235  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  71.3 
 
 
115 aa  177  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  71.3 
 
 
118 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  71.3 
 
 
118 aa  175  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  70.43 
 
 
118 aa  174  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  69.57 
 
 
117 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  68.7 
 
 
117 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  70.8 
 
 
117 aa  169  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  67.83 
 
 
117 aa  168  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  68.14 
 
 
118 aa  167  6e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  65.18 
 
 
115 aa  152  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  56.64 
 
 
113 aa  136  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  55.36 
 
 
121 aa  135  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  54.39 
 
 
114 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  61.62 
 
 
116 aa  130  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.44 
 
 
113 aa  123  8.000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  51.33 
 
 
114 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.13 
 
 
113 aa  113  6.9999999999999995e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.43 
 
 
113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.05 
 
 
114 aa  110  9e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.37 
 
 
114 aa  109  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.49 
 
 
114 aa  106  1e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.49 
 
 
114 aa  105  2e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.49 
 
 
114 aa  103  9e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.59 
 
 
113 aa  101  3e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.26 
 
 
130 aa  98.6  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  45.61 
 
 
121 aa  96.3  1e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
115 aa  95.9  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  34.21 
 
 
145 aa  87.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.27 
 
 
121 aa  79.7  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.72 
 
 
115 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.05 
 
 
117 aa  75.9  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
120 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.48 
 
 
114 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.94 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.94 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.26 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
110 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.89 
 
 
127 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.84 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.74 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  33.63 
 
 
110 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
110 aa  63.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.74 
 
 
111 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
119 aa  62.4  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
119 aa  61.6  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.1 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.62 
 
 
117 aa  61.6  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.1 
 
 
136 aa  61.2  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
117 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
116 aa  60.8  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
119 aa  60.5  0.000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.55 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.2 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  28.44 
 
 
110 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
123 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1303  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.93 
 
 
126 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.263812  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.93 
 
 
124 aa  57.4  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  28.21 
 
 
138 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.69 
 
 
123 aa  57.4  0.00000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.68 
 
 
107 aa  57  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
109 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
123 aa  57  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
139 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
139 aa  57  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
114 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.63 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.96 
 
 
117 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  26.61 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
114 aa  55.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.89 
 
 
109 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.96 
 
 
117 aa  55.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.89 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.68 
 
 
110 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.19 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.78 
 
 
113 aa  54.7  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.06 
 
 
117 aa  54.7  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.43 
 
 
117 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>