74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1078 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1078  putative hydrogenase nickel incorporation protein  100 
 
 		 171 aa  336  9e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0654843  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  40 
 
 		 112 aa  96.7  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2358  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.54 
 
 		 132 aa  83.6  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.859502  normal  0.0379693 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.69 
 
 		 117 aa  63.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.37 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.37 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.86 
 
 		 110 aa  61.2  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.37 
 
 		 109 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.17 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.37 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.35 
 
 		 113 aa  59.3  0.00000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.97 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.76 
 
 		 114 aa  58.2  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.06 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.85 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.87 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.87 
 
 		 109 aa  56.6  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.17 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.63 
 
 		 121 aa  55.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.66 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.51 
 
 		 114 aa  53.9  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.76 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.69 
 
 		 121 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  23.94 
 
 		 112 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.87 
 
 		 123 aa  52.4  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  23.78 
 
 		 128 aa  52.4  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.94 
 
 		 115 aa  52  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  23.94 
 
 		 114 aa  52  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.66 
 
 		 128 aa  51.6  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.65 
 
 		 114 aa  51.6  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.65 
 
 		 114 aa  51.6  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.06 
 
 		 110 aa  51.2  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.37 
 
 		 110 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  26.06 
 
 		 110 aa  50.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.37 
 
 		 137 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.71 
 
 		 116 aa  49.7  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.66 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.21 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  20 
 
 		 119 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.46 
 
 		 117 aa  48.9  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  21.38 
 
 		 119 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.44 
 
 		 123 aa  48.5  0.00005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  25 
 
 		 117 aa  48.1  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.17 
 
 		 130 aa  47.8  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.31 
 
 		 124 aa  47.8  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  19.31 
 
 		 119 aa  47.4  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.39 
 
 		 110 aa  46.6  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.39 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3821  hydrogenase expression/synthesis, HypA  23.49 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.631833  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  22.14 
 
 		 121 aa  45.4  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.76 
 
 		 113 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.45 
 
 		 113 aa  45.4  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  20.83 
 
 		 113 aa  45.4  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.5 
 
 		 117 aa  44.3  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.14 
 
 		 117 aa  43.9  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.76 
 
 		 113 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.19 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.76 
 
 		 113 aa  43.9  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.03 
 
 		 125 aa  43.9  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25 
 
 		 136 aa  43.9  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.45 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.66 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.31 
 
 		 139 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  26.21 
 
 		 145 aa  43.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.76 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  18.92 
 
 		 117 aa  42  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.07 
 
 		 113 aa  42  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 		 111 aa  42  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.18 
 
 		 117 aa  41.6  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.79 
 
 		 114 aa  41.6  0.006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  24.67 
 
 		 117 aa  41.6  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.97 
 
 		 113 aa  41.2  0.008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.31 
 
 		 113 aa  40.8  0.008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  21.62 
 
 		 115 aa  40.8  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>