158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1517 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
115 aa  232  1.0000000000000001e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.74 
 
 
112 aa  91.3  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.02 
 
 
115 aa  90.1  9e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.52 
 
 
114 aa  84.7  4e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
121 aa  84.3  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.26 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 
117 aa  81.6  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.13 
 
 
113 aa  81.6  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.65 
 
 
114 aa  80.1  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.14 
 
 
110 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5246  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 
122 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.911975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.98 
 
 
110 aa  77  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.86 
 
 
114 aa  76.6  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
124 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.93 
 
 
116 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.32 
 
 
114 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  34.78 
 
 
112 aa  74.3  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
114 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.09 
 
 
109 aa  72.4  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.96 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
109 aa  71.2  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.84 
 
 
138 aa  70.9  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.97 
 
 
117 aa  70.5  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.9 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.21 
 
 
117 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.5 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.91 
 
 
112 aa  67  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
110 aa  67  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.43 
 
 
110 aa  67  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
117 aa  66.6  0.00000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.48 
 
 
112 aa  66.2  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.08 
 
 
120 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.33 
 
 
128 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.5 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
119 aa  63.9  0.0000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.17 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.67 
 
 
136 aa  63.5  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
119 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.78 
 
 
135 aa  63.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.44 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.03 
 
 
119 aa  62.8  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.44 
 
 
123 aa  62  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  35.34 
 
 
125 aa  62  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.59 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  30.43 
 
 
121 aa  60.8  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.52 
 
 
114 aa  60.8  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
128 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.7 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  31.58 
 
 
110 aa  58.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.28 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.48 
 
 
125 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.05 
 
 
127 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03870  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.99 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
114 aa  57.4  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.09 
 
 
111 aa  57  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
115 aa  56.2  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.17 
 
 
123 aa  56.2  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.13 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.19 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4944  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.57 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000180584  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  32.77 
 
 
138 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.76 
 
 
139 aa  53.5  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  32.17 
 
 
113 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.62 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.62 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
117 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.62 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  25.86 
 
 
121 aa  53.5  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.62 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.62 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.82 
 
 
115 aa  52.4  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2358  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.25 
 
 
132 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.859502  normal  0.0379693 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1736  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.09 
 
 
112 aa  52.4  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.407443  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.21 
 
 
113 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.44 
 
 
113 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.44 
 
 
113 aa  52  0.000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.68 
 
 
113 aa  51.6  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.5 
 
 
113 aa  50.8  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  31.53 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1023  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.75 
 
 
113 aa  50.4  0.000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.136662  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.44 
 
 
113 aa  50.4  0.000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1081  putative hydrogenase expression/formation protein HypA2  34.83 
 
 
132 aa  50.4  0.000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.143987  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
113 aa  50.4  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.48 
 
 
117 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  28.32 
 
 
117 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  31.53 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  30.7 
 
 
145 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>