200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3140 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
110 aa  213  5.9999999999999996e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  95.45 
 
 
110 aa  201  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  68.18 
 
 
110 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  66.36 
 
 
110 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.64 
 
 
110 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  49.09 
 
 
112 aa  117  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  49.09 
 
 
111 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.46 
 
 
110 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  43.64 
 
 
112 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  48.18 
 
 
109 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.18 
 
 
109 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.87 
 
 
109 aa  103  1e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.82 
 
 
114 aa  102  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.87 
 
 
139 aa  103  1e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.87 
 
 
139 aa  102  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.87 
 
 
109 aa  102  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.82 
 
 
113 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  43.64 
 
 
113 aa  101  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.55 
 
 
115 aa  100  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.82 
 
 
114 aa  98.2  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.64 
 
 
136 aa  97.4  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  95.9  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.12 
 
 
117 aa  95.5  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
114 aa  94  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
114 aa  94  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  93.2  9e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
114 aa  92.8  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  43.64 
 
 
110 aa  91.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  42.48 
 
 
113 aa  91.3  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.07 
 
 
138 aa  89.4  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.98 
 
 
116 aa  89.4  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  87.4  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
113 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  86.3  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  41.82 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.91 
 
 
117 aa  84.7  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  84.3  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
117 aa  82.8  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  82.4  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.44 
 
 
136 aa  82  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  42.74 
 
 
117 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.17 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
117 aa  81.6  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  43.48 
 
 
117 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  36.28 
 
 
113 aa  80.1  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.84 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
120 aa  78.6  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.18 
 
 
117 aa  77  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.05 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.78 
 
 
112 aa  75.5  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.58 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.45 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.28 
 
 
125 aa  74.3  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  72.4  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  72.8  0.000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
123 aa  72  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  72  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
118 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
119 aa  70.9  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.47 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
121 aa  70.5  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
118 aa  70.5  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  34.48 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  34.51 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.43 
 
 
128 aa  70.1  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
118 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.75 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  68.9  0.00000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
117 aa  68.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
124 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.45 
 
 
115 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  35.14 
 
 
121 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.86 
 
 
123 aa  67.4  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
115 aa  67  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  36.75 
 
 
138 aa  67  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.24 
 
 
113 aa  67  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  34.55 
 
 
115 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
115 aa  66.6  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
114 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.74 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>