140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_3166 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_3166  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
114 aa  227  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0373089 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0930  hydrogenase expression/synthesis, HypA  73.68 
 
 
139 aa  183  7e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.359542 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1308  hydrogenase nickel insertion protein HypA, putative  55.26 
 
 
138 aa  140  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000254152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  48.25 
 
 
117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  44.74 
 
 
117 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  46.9 
 
 
117 aa  115  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.23 
 
 
110 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.6 
 
 
121 aa  78.2  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  40.35 
 
 
110 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.47 
 
 
110 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
135 aa  70.5  0.000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
128 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.47 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.04 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
120 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
123 aa  64.3  0.0000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.07 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.46 
 
 
136 aa  63.5  0.0000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  39.33 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.83 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  30.7 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.62 
 
 
113 aa  62  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
112 aa  62  0.000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
109 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
139 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  31.58 
 
 
110 aa  60.5  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  29.57 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.14 
 
 
136 aa  59.3  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
114 aa  57  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
110 aa  57  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
117 aa  56.6  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.3 
 
 
109 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.3 
 
 
109 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
117 aa  55.5  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.11 
 
 
113 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.31 
 
 
119 aa  54.7  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03870  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
115 aa  54.7  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.7 
 
 
123 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.56 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  29.57 
 
 
125 aa  54.7  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
117 aa  54.3  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.43 
 
 
113 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  28.45 
 
 
113 aa  53.9  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4944  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.3 
 
 
114 aa  52.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000180584  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  28.7 
 
 
121 aa  53.1  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
113 aa  52  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
115 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.13 
 
 
114 aa  51.6  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.52 
 
 
117 aa  51.2  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.04 
 
 
121 aa  50.8  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
116 aa  50.8  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  34.21 
 
 
145 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.23 
 
 
113 aa  49.7  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.89 
 
 
112 aa  49.7  0.00001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.32 
 
 
114 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
124 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.96 
 
 
117 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
114 aa  48.9  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.07 
 
 
113 aa  49.3  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.7 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.7 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.44 
 
 
119 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.66 
 
 
113 aa  48.9  0.00003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.63 
 
 
115 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.7 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.7 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.7 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.88 
 
 
113 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.44 
 
 
119 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
125 aa  48.1  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.7 
 
 
111 aa  48.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  25.22 
 
 
118 aa  47.4  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.83 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>