190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4579 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
117 aa  235  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.54 
 
 
113 aa  107  4.0000000000000004e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.21 
 
 
113 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  47.32 
 
 
113 aa  105  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  105  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  100  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  43.75 
 
 
113 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
115 aa  99  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  45.87 
 
 
110 aa  97.4  5e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  95.5  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.73 
 
 
117 aa  94.7  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
113 aa  92  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  42.2 
 
 
110 aa  90.9  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.5 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  89  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  88.6  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  88.2  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.71 
 
 
113 aa  87  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
115 aa  86.3  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  84.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  40.91 
 
 
115 aa  84  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.29 
 
 
113 aa  82  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.29 
 
 
110 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  37.27 
 
 
114 aa  81.3  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.71 
 
 
114 aa  81.3  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
114 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
110 aa  79  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  77.8  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  77.8  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  77.8  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
114 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  77  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
115 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
117 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  73.9  0.0000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  36.61 
 
 
112 aa  73.6  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
138 aa  73.2  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
109 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.14 
 
 
115 aa  72  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
114 aa  72  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.71 
 
 
109 aa  71.6  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
109 aa  71.6  0.000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.14 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.25 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  34.82 
 
 
110 aa  70.5  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.65 
 
 
136 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.89 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
128 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
121 aa  68.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.07 
 
 
109 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
117 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
120 aa  67.8  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.29 
 
 
117 aa  67.4  0.00000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  30.91 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
130 aa  65.1  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
111 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.93 
 
 
112 aa  64.7  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
117 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.7 
 
 
112 aa  64.7  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.41 
 
 
121 aa  64.3  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
136 aa  63.9  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.48 
 
 
118 aa  62.4  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  30 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.46 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
110 aa  62.4  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.04 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
118 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5246  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.89 
 
 
122 aa  62  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.911975 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  62  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.77 
 
 
115 aa  61.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>