175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7256 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
113 aa  228  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  51.33 
 
 
115 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  48.21 
 
 
115 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.67 
 
 
113 aa  111  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.43 
 
 
117 aa  107  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  44.25 
 
 
114 aa  105  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.48 
 
 
113 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.32 
 
 
113 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.93 
 
 
113 aa  100  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  46.43 
 
 
113 aa  100  8e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  42.73 
 
 
110 aa  99.8  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.54 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  97.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.19 
 
 
113 aa  97.8  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  44.64 
 
 
113 aa  97.1  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  42.48 
 
 
113 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  95.5  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  93.6  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  40 
 
 
110 aa  92.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.79 
 
 
113 aa  90.9  6e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
117 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.99 
 
 
113 aa  89.4  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.32 
 
 
113 aa  88.2  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  88.2  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  39.29 
 
 
115 aa  86.7  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
113 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
113 aa  84.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  84  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  83.2  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
114 aa  83.2  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  79.7  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.97 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  75.5  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
120 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.63 
 
 
117 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.82 
 
 
138 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.52 
 
 
114 aa  71.6  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.84 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
125 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
128 aa  68.2  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
121 aa  67  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.05 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  30.7 
 
 
116 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  30.09 
 
 
110 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.09 
 
 
110 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  32.43 
 
 
120 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.84 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  32.43 
 
 
120 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  32.43 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.55 
 
 
114 aa  62  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.29 
 
 
130 aa  62  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
114 aa  61.6  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
117 aa  62  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.55 
 
 
114 aa  62  0.000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.63 
 
 
113 aa  61.6  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
116 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.17 
 
 
123 aa  60.5  0.000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.68 
 
 
114 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.66 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
109 aa  58.9  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  57.8  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.64 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  22.81 
 
 
114 aa  57.4  0.00000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>