173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0865 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
109 aa  216  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
109 aa  216  6e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  58.72 
 
 
113 aa  132  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  55.45 
 
 
114 aa  128  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.27 
 
 
114 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  55.05 
 
 
113 aa  127  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.27 
 
 
114 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.27 
 
 
114 aa  124  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  56.88 
 
 
115 aa  123  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  52.29 
 
 
112 aa  119  9e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  52.73 
 
 
110 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  50.46 
 
 
112 aa  116  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  49.09 
 
 
110 aa  113  7.999999999999999e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.22 
 
 
117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.09 
 
 
110 aa  105  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.18 
 
 
110 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.95 
 
 
136 aa  99.4  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.04 
 
 
109 aa  98.6  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.64 
 
 
110 aa  98.2  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.04 
 
 
139 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.85 
 
 
136 aa  97.4  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.04 
 
 
109 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.04 
 
 
139 aa  97.4  6e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.95 
 
 
110 aa  96.7  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  94  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  93.6  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
113 aa  92  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  46.02 
 
 
113 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  89.4  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
113 aa  89.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  87.4  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  44.25 
 
 
113 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.64 
 
 
113 aa  87  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.25 
 
 
113 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.82 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
113 aa  85.9  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  84.3  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.61 
 
 
111 aa  83.6  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
119 aa  82.8  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
113 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
119 aa  82.4  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  38.18 
 
 
110 aa  80.9  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
119 aa  78.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
120 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.71 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  36.36 
 
 
110 aa  76.3  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
113 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  73.6  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
115 aa  72.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
117 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
116 aa  71.2  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.5 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.73 
 
 
117 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3213  zinc finger protein  55.56 
 
 
80 aa  68.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.28 
 
 
125 aa  68.2  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
128 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0967  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.11 
 
 
123 aa  67.8  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.571187  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.03 
 
 
112 aa  65.9  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
115 aa  65.1  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.63 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
117 aa  64.7  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.83 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.4 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.36 
 
 
135 aa  63.9  0.0000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.61 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
115 aa  63.5  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.45 
 
 
136 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  35.71 
 
 
115 aa  62  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
117 aa  62  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
138 aa  62  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.96 
 
 
117 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  61.6  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.63 
 
 
125 aa  61.6  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
114 aa  62  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>