174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1867 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
118 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  97.44 
 
 
118 aa  236  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  96.58 
 
 
118 aa  234  3e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  83.48 
 
 
115 aa  201  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  81.2 
 
 
118 aa  200  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  78.63 
 
 
117 aa  193  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  78.63 
 
 
117 aa  192  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  76.07 
 
 
117 aa  191  4e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  75.21 
 
 
117 aa  187  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  70.43 
 
 
115 aa  174  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  67.54 
 
 
115 aa  163  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  57.52 
 
 
114 aa  140  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  63 
 
 
116 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  53.45 
 
 
121 aa  133  9e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  54.87 
 
 
113 aa  132  9.999999999999999e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  54.87 
 
 
113 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  52.21 
 
 
114 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.9 
 
 
113 aa  116  9.999999999999999e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.32 
 
 
113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.9 
 
 
113 aa  109  1.0000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  43.36 
 
 
114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.74 
 
 
114 aa  100  6e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.74 
 
 
114 aa  100  9e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.86 
 
 
114 aa  99.4  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.86 
 
 
115 aa  97.1  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.98 
 
 
121 aa  92.8  1e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.34 
 
 
130 aa  93.2  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  38.79 
 
 
145 aa  92.8  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
114 aa  90.5  6e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.24 
 
 
121 aa  78.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  35.96 
 
 
117 aa  76.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.52 
 
 
114 aa  75.5  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.39 
 
 
115 aa  73.6  0.0000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
110 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.65 
 
 
114 aa  68.6  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.65 
 
 
114 aa  67.4  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  67  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  33.98 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.61 
 
 
114 aa  66.2  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
110 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  32.38 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
114 aa  65.1  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.71 
 
 
127 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
110 aa  63.2  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
120 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.46 
 
 
117 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.32 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.45 
 
 
116 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  33.63 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  26.55 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.55 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  26.55 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.55 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.64 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  29.2 
 
 
113 aa  58.2  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.31 
 
 
128 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.64 
 
 
123 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1303  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.2 
 
 
126 aa  57.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.263812  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.79 
 
 
119 aa  57.4  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.32 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.32 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.35 
 
 
117 aa  57  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.32 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.32 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.32 
 
 
113 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.43 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  30.17 
 
 
116 aa  56.2  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.5 
 
 
117 aa  56.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  30.43 
 
 
107 aa  56.6  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  55.1  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  23.93 
 
 
119 aa  55.1  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.09 
 
 
111 aa  54.3  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4500  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.17 
 
 
113 aa  52.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.83 
 
 
136 aa  53.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>