173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0533 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  100 
 
 
115 aa  228  3e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  64.35 
 
 
117 aa  141  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  54.39 
 
 
114 aa  120  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  53.04 
 
 
115 aa  118  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.43 
 
 
115 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  93.6  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  88.2  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.29 
 
 
113 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  43.12 
 
 
110 aa  86.3  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.29 
 
 
113 aa  85.5  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  85.1  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.91 
 
 
117 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  83.6  8e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  41.07 
 
 
113 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.18 
 
 
113 aa  80.1  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.19 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  77  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40 
 
 
117 aa  76.6  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  40.37 
 
 
110 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  40.18 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
113 aa  72  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  38.39 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.71 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.48 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  38.39 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  33.04 
 
 
110 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.82 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
117 aa  70.9  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.27 
 
 
112 aa  70.5  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
110 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
116 aa  69.7  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
120 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.5 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.5 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  37.5 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  36.61 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  36.61 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  35.71 
 
 
113 aa  68.2  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  37.38 
 
 
112 aa  67.4  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.55 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
113 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.27 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.45 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.33 
 
 
111 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.35 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
130 aa  63.2  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.7 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.71 
 
 
109 aa  62  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
109 aa  62  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.26 
 
 
135 aa  62  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3905  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.43 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.97 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
110 aa  59.7  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.36 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  57.8  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
109 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
123 aa  57.8  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.78 
 
 
114 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.78 
 
 
114 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
139 aa  57.4  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.84 
 
 
112 aa  57  0.00000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.67 
 
 
114 aa  56.6  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  34.51 
 
 
125 aa  55.5  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
109 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
115 aa  55.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.41 
 
 
121 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.44 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  29.73 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  29.73 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  29.73 
 
 
118 aa  54.7  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>