146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0787 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  100 
 
 
121 aa  244  4e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.1 
 
 
114 aa  119  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.1 
 
 
114 aa  119  9.999999999999999e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  53.1 
 
 
114 aa  119  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.45 
 
 
113 aa  118  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.37 
 
 
113 aa  116  9e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.37 
 
 
113 aa  113  6.9999999999999995e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  48.67 
 
 
114 aa  110  6e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.22 
 
 
115 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.9 
 
 
113 aa  106  1e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  43.22 
 
 
118 aa  104  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.95 
 
 
113 aa  103  7e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.37 
 
 
117 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.37 
 
 
117 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.53 
 
 
117 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.25 
 
 
114 aa  97.8  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.68 
 
 
117 aa  97.4  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.24 
 
 
115 aa  96.3  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.61 
 
 
115 aa  96.3  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.14 
 
 
114 aa  93.6  8e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.98 
 
 
118 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.33 
 
 
121 aa  92.4  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.14 
 
 
118 aa  92  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.14 
 
 
118 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  40.71 
 
 
115 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  43.56 
 
 
116 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
114 aa  69.7  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
110 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.41 
 
 
110 aa  65.5  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.48 
 
 
110 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.05 
 
 
130 aa  62.4  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  32.41 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.11 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  31.53 
 
 
145 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.38 
 
 
114 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.43 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.17 
 
 
114 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.63 
 
 
115 aa  57.8  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
117 aa  57  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.04 
 
 
121 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  27.97 
 
 
117 aa  55.5  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.85 
 
 
114 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.21 
 
 
120 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.23 
 
 
127 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.85 
 
 
114 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.75 
 
 
128 aa  55.1  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.91 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.89 
 
 
116 aa  54.3  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
115 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.07 
 
 
109 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.56 
 
 
110 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.07 
 
 
139 aa  53.9  0.0000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25 
 
 
109 aa  53.9  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.79 
 
 
112 aa  53.9  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.07 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.86 
 
 
115 aa  53.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.63 
 
 
135 aa  52  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
114 aa  52.8  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.24 
 
 
117 aa  52  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0679  hydrogenase expression/synthesis HypA  23.53 
 
 
135 aa  52  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.85 
 
 
111 aa  51.6  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
117 aa  51.2  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.95 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1312  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.23 
 
 
124 aa  51.2  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.183379  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.63 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.07 
 
 
136 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.63 
 
 
109 aa  50.8  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 
121 aa  50.4  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.83 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  29.46 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  27.43 
 
 
112 aa  49.7  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.03 
 
 
113 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.78 
 
 
117 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1373  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.75 
 
 
126 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.673816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  27.73 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  27.73 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  27.73 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  27.73 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  27.73 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.09 
 
 
117 aa  48.5  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  24.55 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25 
 
 
136 aa  48.9  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
128 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.57 
 
 
114 aa  48.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  24.56 
 
 
112 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.79 
 
 
114 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.93 
 
 
113 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.62 
 
 
117 aa  47.8  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.93 
 
 
113 aa  47.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.23 
 
 
123 aa  47.4  0.00006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1303  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.93 
 
 
126 aa  47.4  0.00006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.263812  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.45 
 
 
113 aa  47.8  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.07 
 
 
113 aa  47.4  0.00007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5246  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.81 
 
 
122 aa  47  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.911975 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  23.01 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.58 
 
 
107 aa  46.2  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>