168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1886 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  100 
 
 
127 aa  257  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.09 
 
 
128 aa  98.2  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.9 
 
 
120 aa  97.8  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.53 
 
 
124 aa  87.8  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.45 
 
 
113 aa  76.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.61 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.77 
 
 
113 aa  72  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.93 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.25 
 
 
113 aa  71.2  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
115 aa  69.3  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
109 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.4 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.67 
 
 
139 aa  68.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.73 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.07 
 
 
128 aa  67  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.89 
 
 
115 aa  67  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.65 
 
 
130 aa  66.2  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.71 
 
 
118 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.45 
 
 
117 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.52 
 
 
118 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.26 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.26 
 
 
117 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.52 
 
 
115 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.71 
 
 
117 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.06 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.25 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.71 
 
 
118 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.71 
 
 
118 aa  63.2  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.25 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.25 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.28 
 
 
113 aa  61.6  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.09 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  32.77 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  26.27 
 
 
114 aa  60.8  0.000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  30.89 
 
 
116 aa  60.8  0.000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.73 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.83 
 
 
113 aa  60.5  0.000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.73 
 
 
113 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.73 
 
 
113 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.69 
 
 
115 aa  60.1  0.000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.58 
 
 
114 aa  60.1  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.41 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.77 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.77 
 
 
113 aa  60.1  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  30.08 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  30.08 
 
 
116 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  30.08 
 
 
120 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.73 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.23 
 
 
112 aa  58.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.81 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.41 
 
 
110 aa  59.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.73 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  27.73 
 
 
113 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.33 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.89 
 
 
113 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  25.41 
 
 
117 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.06 
 
 
114 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.87 
 
 
117 aa  58.2  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.97 
 
 
119 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.97 
 
 
114 aa  58.2  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.33 
 
 
119 aa  58.2  0.00000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.05 
 
 
115 aa  58.2  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.33 
 
 
119 aa  57.8  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.97 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  25.21 
 
 
113 aa  57.8  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.35 
 
 
135 aa  57.8  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  30.25 
 
 
110 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.33 
 
 
115 aa  57  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.83 
 
 
114 aa  57  0.00000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.41 
 
 
110 aa  56.2  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.05 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.73 
 
 
113 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  30.48 
 
 
117 aa  56.2  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  29.41 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.41 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  28.23 
 
 
121 aa  55.8  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.05 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.57 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.89 
 
 
114 aa  55.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.5 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.55 
 
 
110 aa  55.1  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  29.03 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.17 
 
 
109 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  29.03 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  29.03 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  29.03 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.84 
 
 
117 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  29.03 
 
 
118 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>