166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2113 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  100 
 
 
114 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  60.18 
 
 
118 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  59.29 
 
 
115 aa  144  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
118 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
118 aa  142  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
117 aa  141  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
117 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
117 aa  140  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  58.41 
 
 
117 aa  140  6e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  57.52 
 
 
118 aa  140  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  56.36 
 
 
115 aa  134  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  54.39 
 
 
115 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  49.56 
 
 
113 aa  124  3e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  52.73 
 
 
121 aa  123  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  51.33 
 
 
113 aa  120  7e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  50.44 
 
 
114 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  54 
 
 
116 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.13 
 
 
114 aa  106  9.000000000000001e-23  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.75 
 
 
113 aa  102  2e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  44.25 
 
 
113 aa  101  3e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.75 
 
 
113 aa  102  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.61 
 
 
114 aa  99  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.61 
 
 
114 aa  98.2  4e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.74 
 
 
114 aa  97.8  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  44.25 
 
 
121 aa  97.8  4e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
115 aa  97.4  5e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
114 aa  89.7  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.74 
 
 
117 aa  86.3  1e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.22 
 
 
121 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  31.86 
 
 
145 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
130 aa  76.6  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.63 
 
 
117 aa  73.9  0.0000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
120 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.09 
 
 
115 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.46 
 
 
114 aa  65.1  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
116 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  31.82 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.97 
 
 
136 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.91 
 
 
113 aa  62  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.45 
 
 
110 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.58 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.2 
 
 
117 aa  61.2  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.07 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.19 
 
 
121 aa  59.7  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.31 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.09 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.32 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.06 
 
 
127 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.31 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  33.64 
 
 
110 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.46 
 
 
114 aa  57.4  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  57.4  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  27.27 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
110 aa  55.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
113 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.93 
 
 
107 aa  55.5  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  55.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4500  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.68 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.43 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  28.95 
 
 
116 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2132  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.36 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.509828  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.09 
 
 
117 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
128 aa  53.5  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  24.55 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  25.66 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  28.95 
 
 
113 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4944  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000180584  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  33.33 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
119 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
119 aa  51.6  0.000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.82 
 
 
123 aa  52  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
114 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  29.09 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  23.89 
 
 
125 aa  51.6  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.09 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  29.09 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.09 
 
 
113 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.7 
 
 
112 aa  50.8  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.09 
 
 
113 aa  50.8  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  24.78 
 
 
114 aa  50.4  0.000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.18 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.18 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.18 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  28.18 
 
 
113 aa  50.4  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
109 aa  50.1  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
139 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  26.36 
 
 
139 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>