183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0176 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  100 
 
 
145 aa  288  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.74 
 
 
130 aa  118  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  45.22 
 
 
115 aa  103  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  47.32 
 
 
117 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1832  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
115 aa  97.4  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.524005  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1904  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
117 aa  95.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0320929  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1273  hydrogenase expression/synthesis HypA  49.02 
 
 
121 aa  94.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.330096  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1812  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.66 
 
 
118 aa  94  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.79 
 
 
118 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0939102  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1867  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.79 
 
 
118 aa  92.8  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1879  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
117 aa  92.8  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2415  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
117 aa  92.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0774419  hitchhiker  0.0000872958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2089  hydrogenase expression/formation protein HypA  38.94 
 
 
118 aa  90.9  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  47.57 
 
 
138 aa  90.9  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00349  hydrogenase expression/formation protein HypA  48.86 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1669  hydrogenase expression/formation protein HypA  39.66 
 
 
121 aa  89.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
117 aa  89.4  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2039  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
114 aa  88.2  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
113 aa  88.2  3e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1898  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
115 aa  87.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00030561 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
113 aa  87  7e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  86.7  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2023  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.39 
 
 
115 aa  86.7  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.656549  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.05 
 
 
113 aa  85.5  2e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
114 aa  85.1  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2113  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
114 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00315228  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
113 aa  80.1  0.00000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0913  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
114 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.13 
 
 
123 aa  75.1  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0656  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  71.6  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0730  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.525466  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
112 aa  70.5  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1042  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1755  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34 
 
 
116 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
117 aa  67.8  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3220  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.93 
 
 
112 aa  67.4  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.48 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.48 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  34.48 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.96 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3882  hydrogenase expression/synthesis HypA  32.46 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.897038 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.82 
 
 
115 aa  65.1  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.74 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
119 aa  64.7  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.62 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  34.23 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  33.62 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  62  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.63 
 
 
136 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  32.77 
 
 
125 aa  61.6  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0787  hydrogenase expression/formation protein HypA  31.53 
 
 
121 aa  61.6  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.482167  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
116 aa  61.2  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
119 aa  61.2  0.000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
119 aa  60.8  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
135 aa  60.8  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.65 
 
 
113 aa  60.5  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  59.7  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.57 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  28.21 
 
 
121 aa  58.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0468  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
114 aa  59.3  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.984402  normal  0.0359796 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  32.74 
 
 
110 aa  57.4  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0505  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.29 
 
 
114 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
110 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.74 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.76 
 
 
113 aa  57  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.38 
 
 
128 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.84 
 
 
117 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.26 
 
 
136 aa  55.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
114 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
110 aa  55.5  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0500  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.29 
 
 
114 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0472  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.44 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2619  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.82 
 
 
137 aa  54.7  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.227524 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0514  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.29 
 
 
114 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0729285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
124 aa  53.9  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  27.27 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  26.36 
 
 
113 aa  53.9  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1312  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.27 
 
 
124 aa  53.5  0.0000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.183379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.9 
 
 
113 aa  53.9  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.91 
 
 
125 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
113 aa  53.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17140  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  31.36 
 
 
132 aa  53.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0851583  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4512  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.09 
 
 
114 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03870  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.76 
 
 
115 aa  53.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  30.36 
 
 
110 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.36 
 
 
123 aa  53.1  0.000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>